慢性丙型肝炎的肝脏组织学改变与其他肝病难以区别，可表现为慢性活动性肝炎、慢性迁延性肝炎及肝硬化等改变。无症状丙肝病毒感染者肝活检组织病理改变也可见到慢性活动性肝炎及肝硬化病变。
急性期丙型肝炎病人肝脏组织病理改变一般为：
肝实质可见小脂肪滴：
肝窦壁细胞明显活化，枯否细胞增生，肝窦内可见淋巴细胞，有的表现为单核细胞增多症状样改变；
肝细胞浆内呈不规则嗜伊红变及嗜伊红小体；
肝细胞形成气球样变，肝细胞浆疏松，肝细胞膜界分明，似中毒性肝细胞损害改变；
可见巨细胞。门管区病变一般较急性甲肝和急性乙肝轻，但差别较大，轻者仅见淋巴细胞浸润为主，重者可见大量滤泡淋巴细胞聚集，片状坏死与桥接坏死在重症叶也可见到，亦可见小胆管损伤。反复急性发作的丙肝病人，连续肝活捡证实其中约10%一15%伴有肝硬化病变。有人报道发病后6个月内约1乃丙型肝炎病人经组织学证实有肝硬化。
