药物的治疗遵循简而精的原则。由于目前可选择的肝炎药物实在多得难于胜数，患者本人很难对这个药物的海洋有深入了解，所以用药应该有专科医生的指导。
在这里，有必要说明一下，肝炎专科医生必须是对疾病和各类药物都有深入了解的大夫，而不是仅仅为推销某一种（或几种）药品的药品推销商。目前还没有一种药物（或疗法）可适用于所有的乙肝病人，而必须针对每一个乙肝患者的具体病情，深入分析后制订个体一化的治疗方案，方能取得较好的疗效。
如何正确使用乙肝药品我们还应该知道急性肝炎与慢性肝炎的用药是不同的。由于急性乙肝的病程经过有很大的自限性，所以治疗应该简单一些，以保护肝细胞和促进黄疸消退为基本原则，不能进食或食欲很差的患者可适当静脉补液，辅以维生素的补充。由于大多数药物的代谢都在肝脏进行，过于繁杂的用药，势必加重本来已有病的肝脏负担。
慢性乙型肝炎的治疗主要包括两个方面：保护肝细胞的治疗和抗病毒。保护肝细胞可选用各种具有降低转氨酶作用的制剂。临床上常用的降转氨酶药物有联苯双酯及五味子制剂、垂盆草、山豆根和甘草制剂等。对那些活动性肝炎以及病毒复制指标（如HbsAg和/或乙型肝炎病毒DNA）阳性的患者，可考虑使用抗病毒药物治疗。抗病毒治疗的目标为抑制HBV复制，改善肝组织病变，防止肝硬化和肝癌的发生。
由于乙型肝炎病毒的抵抗力很强，抗病毒治疗必须要坚持足够的疗程，至少在36个月以上，推荐12个月。在抗病毒方面，有干扰素（主要是&alpha 干扰素）、蛋白酶抑制剂（如拉米夫定）和核苷类似物（如泛昔洛韦）等在免疫调控方面，有胸腺素（肽）、各种多糖类等。这些药物都应该在专科医生的指导下使用。
