自身免疫性肝炎大多数隐匿或缓慢起病，起先可有关节酸痛、低热、乏力、皮疹或月经不调，直到出现黄疸时才被诊断是自身免疫性肝炎。据统计，有20%～25%的自身免疫性肝炎病人起病类似急性病毒性肝炎，而也有些病人最初肝外表现掩盖了原有的肝病症状，经过一段时间才能逐渐出现乏力、恶心、食欲不振、腹胀及体重减轻等肝炎症状。
任何年轻的肝病患者，尤其是没有酒精、药物、病毒病原学变化的危险因素的患者，都应该考虑是否是自身免疫性肝炎。血清蛋白电泳和自身抗体的检测对自身免疫性肝炎的诊断是非常重要的。一部分自身免疫性肝炎的病人血清丙种球蛋白是正常值的2倍。
该病的诊断应与乙型和丙型慢性活动性肝炎相区别，自身免疫性肝炎的病毒性肝炎血清学标志阴性，而有多种自身抗体存在，肝活检能够较好地予以确诊。
