新生儿肝炎综合征的治疗主要是控制继发感染，支持，保肝。等待进一步明确病因治疗，以从根本上解除病因。实际上，这一治疗过程也是诊断明确的过程，因为经过以上治疗，各种原因引起的肝炎都会逐渐治疗。
对治疗没有反应，黄疸进行性加重者，逐渐明确为先天性胆道梗阻，这种病儿的预后一般不好，多因继发感染而亡。由此可见，新生儿肝炎综合征的护理更为重要，预防继发感染的发生。居室应清洁舒适，空气新鲜，阳光充足。要改善喂养，如孩子因呼吸道感染而呛奶，可在牛奶中加少许糕干粉或市售米粉，使奶液变稠。避免呛奶引起窒息，喂奶时取半卧位或抱起拍背以减少呕吐。如腹泻，病儿要每次大便后洗臀，涂油，注意观察大便的颜色变化，适当禁食，以防脱水。
本病与母亲患肝炎有密切关系，故已婚妇女患肝炎者，较好治疗后再妊娠。如妊娠后发现患有乙型肝炎者（不论急性期或恢复期），所生小儿应注射特异性高效价球蛋白或血清球蛋白。所有新生儿生后、1个月、6个月均应接种乙肝疫苗以保护新生儿免患乙型肝炎。另外，母亲妊娠期间尽量避免病毒感染，可使下降。新生儿出生2周后应注意小儿的皮肤、巩膜是否出现黄疸，大便的颜色，吃奶情况如胃口不好，精神差，皮肤变黄，大便颜色变浅黄或灰白色，应及时到医院诊，诊断为新生儿肝炎综合征后及时治疗，按时服，给予高糖高生素饮食，应遵医嘱，每1--2个月复查1次肝功能等有关检查。
