这时需要仔细辨别、区分开肝炎与其它疾病：
非肝炎病毒的病毒性肝损害
非肝炎病毒感染引起的肝炎近年有上升趋势，如传染性单核细胞增多症(EBV感染)、巨细胞病毒、柯萨奇B组病毒，其临床表现和肝功能检查与病毒性肝炎相似。因此，当肝功能异常，而肝炎病毒指标均阴性时，应注意检测上述病毒指标，有助确诊。
缺血性肝炎
肝脏急性缺血、缺氧导致肝细胞变性、坏死和肝功能损害，即称之为缺血性肝炎或缺氧性肝炎。心力衰竭、呼吸衰竭及多种原因导致的急性低血压是本病的主要原因。血清转氨酶(ALT和AST)及乳酸脱氢酶(LDH)迅速而极显著的升高，且随病情好转而迅速恢复，肝炎病毒指标全部阴性，借此即可与病毒性肝炎相鉴别。
肝豆状核变性
肝豆状核变性是一种常染色体隐性遗传的铜代谢障碍性疾病。铜在体内蓄积，肝脏最先受累，首先症状为食欲不振、恶心、呕吐、黄疸、肝脾肿大以及发热，早期易误诊为病毒性肝炎，晚期又误诊肝硬化。若能及时发现血清铜增多，血浆铜蓝蛋白减少，角膜铜色素环，即可获得诊断。
甲状腺机能亢进
甲亢时肝损害的原因和致病机制是多方面的，可能与甲状腺素异常增多，分解代谢亢进和自身免疫有关。有些患者以肝损害和黄疸为首先症状时易误诊。检测TSH，T3、T4是鉴别于肝炎的重要依据。恶性组织细胞病恶性组织细胞病是单核-巨噬细胞系统中的组织细胞呈异常增生的恶性疾病，以青壮年居多，近年来有增加的趋势。当以肝脏浸润为突出表现时，可表现为黄疸、肝功能损害、肝大、高热等，易误诊为肝炎。若多次多部位骨髓穿刺发现异常组织细胞，即对诊断有特异价值。
系统性红斑狼疮 (SLE)
SLE是常见的自身免疫性疾病，累及全身结缔组织，呈现多脏器损害，可表现为肝大和肝功能损害，早期易误诊为肝炎。若能找到狼疮细胞、抗核抗体阳性有助于诊断。
肝结核
肝结核系存在于其他脏器的结核杆菌经肝动脉、肝静脉、淋巴系统、脐静脉感染，或邻近脏器的结核病灶直接扩散至肝脏而发病。急性粟粒性肝结核常有发热、肝大、黄疸、肝功能异常，常误诊为急性黄疸型肝炎。普通型肝结核患者有乏力、纳差、腹胀、肝大、肝功能异常而误诊为慢性肝炎。通过肝穿或腹腔镜取肝组织做病理检查，即可明确诊断。
肾综合征出血热
是由流行性出血热病毒引起的急性自然疫源性传染病。由于出血热病毒对肝细胞的直接侵犯或免疫复合物在肝组织沉积以及肝内微循环障碍、微血栓形成等，引起肝细胞破坏，而导致肝功能异常。转氨酶升高、黄疸等，酷似病毒性肝炎。若能注意该病的三大主症(发热、出血、肾衰)、五期经过(发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期、恢复期)以及血或尿特异性抗原检测阳性等特征，有助于与病毒性肝炎相鉴别。
如此等等，医患双方在疑有病毒性肝炎，而病毒性肝炎标记物检测阴性时，应注意肝损害的多源性，由此及彼，注意与肝脏损害的全身性疾病相鉴别，以减少误诊。
