有的乙肝患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标转阴，最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或“小二阳”（即表面抗原和核心抗体阳性），有时甚至转为e抗体和核心抗体阳性。虽然病毒指标转阴了，患者的病情却越来越重，表现为疲乏劳累、腹胀纳差、面色萎黄或黝黑、肝掌、蜘蛛痣等加重；肝功能损害加剧，如转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白明显下降，凝血机制恶化；影像学检查也提示病情向严重方向演变。
如果遇到这种情况，说明病毒阴转带来了不良的后果，这些阴转大都是病毒变异造成的。病毒变异的形式是多种多样，变异的后果也相当复杂。病毒变异，说明了病毒是一种适应性极强、生命力顽强的生物体，它并非那么容易就被消灭。乙肝病毒变异后，使乙肝病毒e抗原不能产生，以致检查e抗原为阴性，但病毒复制依然在暗中进行，使病情迁延不愈，容易发生肝硬化，甚至发生爆发性肝坏死。
越来越多的科学研究表明：携带病毒时间越长，病毒越容易发生变异；用药治疗时间越长，用药种类越多，病毒越容易发生变异。因此，对于病史在五年以上的乙肝患者，应把握这样以下治疗原则：一、密切随访肝功能等，如果发生肝损害，应考虑抗病毒治疗，治疗过程中检查病毒是否变异；二、任何一个迁延性或活动性的乙肝，其治疗的目标是将其恢复至乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定于此状态。对于乙肝病毒携带者，可视为基本本正常状态，不必刻意用药治疗，只要做好复查、预防等工作即可。
