1、 HBeAg阳性的慢性乙型肝炎
HBeAg阳性的慢性乙型肝炎可以持续三十到四十年，男性比女性多，男/女=1.5～4.9。肝脏损害的程度可以从轻度(24～42%)到逐渐加重或重度的慢性肝炎(44%～63%)或肝硬化活动期(10～24%)。儿童期慢乙肝的程度要轻得多，不过，也有小部分儿童可以发生严重的肝脏病变包括肝硬化等。
HBeAg阳性的慢性乙型肝炎一个重要的转归就是HBeAg的血清转换。数个纵向研究均发现HBeAg转换为抗-HBe阳性时，HBV复制明显减少，同时大多数患者生化和组织学上的炎症活动度减轻。e抗原转阴后数月至数年纤维化程度也逐渐减轻。
在这些纵向的研究中发现5和10年中其各自的HBeAg转阴率大约为50%和70%。大多数研究均发现在儿童时期血清e抗原的中位自然年转阴率为15%，大多数的亚洲儿童其ALT正常，自发的e抗原转阴率维持在很低的水平，3岁之前感染HBV的e抗原转阴率小于2%，3岁以后感染的小于4～5%。
决定e抗原转阴的因素包括性别、年龄、ALT水平和HBV基因型。长期抗原携带者和女性易于清除HBeAg转化为抗-HBe，有报告532名阿拉期加土著HBeAg阳性慢性肝炎病人，用COX回归分析方法证实0～18岁、19～30岁和31～78岁其5年内HBeAg转阴率分别为33%、52%和76%。血清ALT水平超过正常值上限(ULN)5倍以上的患者1年内HBeAg自然转阴率超过50%，而那些血清ALT水平低于5倍ULN的患者则小于10%。通常在HBeAg血清转换之前有肝炎急性发作，反映免疫介导的受染肝细胞坏死的ALT水平会上升至10倍ULN或2倍基线水平以上，HBV-DNA水平在早期升高，而疾病发作时则下降，这种状况可以持续2到4个月。在有些病例中，肝炎发作之后没有出现HBeAg血清转换，应看作是血清转换失败。这些肝炎发作通常是无症状的，但那些有肝硬化或早期肝纤维化的患者，出现急性肝炎的症状可以引起肝功能失代偿，甚至肝细胞大块坏死。
HBV根据核苷酸的排列可以分为A～G七个基因型，所有来自亚洲的研究均证实了B基因型比C基因型更早出现HBeAg血清转换，这就可以解释B基因型的病人发生进展性肝炎的可能性要少。
作为肝脏疾病清除标志的HBeAg血清转换与慢性乙型肝炎转化成HBsAg携带者状态有关。HBeAg血清转换后只有少数患者有持续的ALT水平升高和HBV-DNA定量增多。这些病人在HBeAg血清转换后肝炎复发，从而形成一组HBeAg阴性的慢性乙型肝炎。
2、HBeAg阴性的慢性乙型肝炎
诊断HBeAg阴性的慢性乙型肝炎要符合以下条件：①HBsAg阳性超过6个月;②未检测到HBeAg;③抗-HBe阳性;④HBV-DNA超过106CP/ml;⑤ALT升高;⑥组织学上有肝细胞的炎性坏死;⑦排除其它原因引起的肝脏疾病。这一非典型血清证据是由于HBV变异株在血清中不能表达HBeAg，最常见的变异是HBV基因组1896点G→A，从而使HBV基因组前C区产生一个终止密码，完全阻止了HBeAg的表达。其它类型的变异包括前C区的起始密码或核心启动区出现两个核苷酸的替换(A1762T，G1762A)，它能够减少前C区信使RNA的合成和HBeAg的表达。
HBeAg阴性的慢性乙型肝炎常见于地中海、中东和亚洲等地区。最近的数据证实，HBeAg阴性的慢性肝炎比我们以前想象的要多，而且分布的范围要广。地理的改变也影响了HBeAg阴性慢性肝炎的发病及C区和前C区的启动子变异与各个地区占主导地位的HBV基因型有关。最常见的前C区变异株(G1896A)通常在HBV感染的B、C、D、E基因型前C区1858点检测到T，相反地，HBV基因型A中1858点是C，选择G1896A点突变将使该区城碱基配对不稳定，因此极少见。前C区序列和HBV基因型之间的关系说明了为什么伴有前C区终止密码变异的HBe阴性慢性肝炎发生在地中海地区，因为此地区D基因型占主导，而在北美、北欧和部分非洲，则以A基因型为主。在亚洲国家，基因型B和C均常见，HBeAg阴性慢性肝炎并不总是伴有前C区变异，C区启动子变异和低水平的HBV野生株是依赖于HBV基因型B或C主要病毒准种。临床实验证实了HBeAg阴性慢性肝炎在最近十年有增加趋势，特别是在地中海地区和亚洲，但这些数据只经过几个治疗中心的研究所证实，基于人口学的研究还没有开始。因此，这是真的增加或者是由于对这种疾病认识的提高而增加，尚不清楚。
HBeAg阴性的慢性肝炎患者年龄总是比HBeAg阳性的慢性肝炎患者大(中位数40，介于36～45岁之间)。男性为主，据报道男:女=3.9～17。HBeAg阴性慢乙肝比HBeAg阳性慢乙肝更活动和进展，轻或中度慢性肝炎少见，超过50%在诊断时即为严重坏死炎症，大量数据显示地中海地区在确诊时约28～38%的患者有肝硬化。发病时高龄和高比例的肝脏损害提示HBeAg阴性的慢性肝炎在HBV感染自然史中是个晚期的过程，而不仅仅是由于HBV变异而不表达HBeAg。为进一步证实这种观点，最近的一项长期研究证实了HBeAg阴性的慢性肝炎在HBeAg血清转换后16年随访中不断累积大约有25%的发病率， HBeAg阴性的慢性肝炎的增加可能与HBeAg血清转换监测和长期的随访获得的数据有关。
血清病毒和转氨酶水平的波动是常见的，但自发性病毒清除很少见，随访中有三种生化类型：①伴有自发的ALT正常化的ALT复发异常;②不伴有自发的ALT正常化的ALT复发异常;③发作和持续性ALT升高。在纵向研究中发现大约有2/3的患者有再发的ALT升高，而①、②、③种方式发生的比率分别为45%、20%和35%。肝炎的发作可以是重度的，同时也增加了进展至肝硬化并发症的危险，迟发性自发HBsAg清除发生率每年约0.5%。
3、非活动性HBsAg携带状态
非活动性HBsAg携带状态的诊断依据如下：①HBeAg阴性、抗-HBe阳性;②PCR方法检测无或低水平的HBV-DNA;③ALT持续正常;④轻度或无炎症坏死;⑤轻度肝纤维化或肝活检示正常肝组织。非活动性HBsAg携带状态的预后是好的，长期随访这些携带者达18年以上，发现绝大多数患者维持生化的稳定，肝硬化或肝细胞肝癌的发病率极低。难得有些患者没有肝硬化而直接发展成为肝癌。另外，大约有20～30%患者会出现自发的乙型肝炎复发。复发或持续复发的患者可以引起进行性的肝脏损害，甚至发生肝脏功能失代偿，复发通常是无症状的，但有时也会出现类似急性病毒性肝炎症状。
急性暴发性肝炎要区分是否合并有其它嗜肝病毒的重叠感染，大约有20%～30%的暴发性肝炎是由HDV、HCV或HAV病毒的重叠感染所致，并且发生暴发性肝功能衰竭的危险性大大增加。
有些携带者最后成为HBsAg阴性和抗-HBs阳性，在西方国家据估计每年有1～2%的患者出现HBsAg转成抗-HBs，他们通常是成人后获得感染，而在产期和儿童早期感染HBV的流行地区，每年HBsAg阴转的儿童则很低(0.05%～0.8%)。女性HBsAg阴转率比男性高，年老者比年轻者阴转率高。通过HBsAg阴转，肝脏病变通常变为静止，预后较好，但是HBsAg阴转并不能完全阻止已发展为肝硬化的病人出现肝功能失代偿或HCC。
4、肝硬化的发展和相关的危险因子
纵向研究未经治疗的HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者发现2～5/100人年会发展成为进展期肝硬化，而5年内发展成为肝硬化机率为8～20%。同时发现HBeAg阴性的患者比HBeAg阳性的更易发生肝硬化，机率为8～10/100人年。
发展为肝硬化的机率与人口统计、临床表现和血清学的特征有关，二项研究显示肝纤维化的程度与发展为肝硬化的可能性相关，肝纤维化分期F1、F2、F3与5年后肝硬化的发生率分别为0%、6%、17%。另外，炎症坏死的程度和随后出现的急性坏死都是作为判断预后的重要因素。年龄增长和用非PCR方法检测HBV-DNA持续阳性或同期性HBV复制都已证实与肝硬化的发展有关。
研究发现亚洲患者HBV的C基因型比B基因型更易发生肝硬化，初步的数据显示不存在C区起始或前C区终止密码变异的C基因型与HBeAg阴性的慢性肝炎引起更严重的肝脏疾病有关。其它临床数据显示使慢性乙型肝炎恶化的易感因子包括同时感染HDV、HCV或HIV或伴随酗酒，据报道酗酒可以使肝硬化的危险性增加六倍。
据报道大约有10-25%的患者同时合并有HBV和HCV感染，尤其是吸毒者。这些病毒相互作用似乎起到相互抑制病毒复制的作用，但相反的是HBV和HCV混合感染的患者比单病毒感染的患者肝脏疾病和预后都要差。
数据显示随着HBV感染的控制，HDV感染的机会在减少。HBV携带者重复感染HDV后会出现重度慢性肝脏损害，加快肝硬化的发展。HDV感染的患者从急性肝炎到肝硬化的中位时间是9年，只有少数的患者没有进展性肝脏疾病。合并HIV感染的慢乙肝同性恋者与HIV感染患者比较有以下特点：①HBV复制处于高水平状态;②HBeAg自然阴转率降低;③增加患肝硬化的机率。
