cccDNA存在于肝细胞核中，是乙肝病毒不能被清除的主要原因，在肝脏内的持续复制是导致慢乙肝、肝硬化、肝癌发生的主要原因。对于慢乙肝，积极抗病毒治疗是防止疾病进展的首要方法；乙肝肝硬化的治疗目标是延缓和降低肝功能失代偿和肝癌的发生，从而改善生活质量和延长寿命。现对慢性乙肝和肝硬化的抗病毒治疗分述如下。
肝硬化“患者”，其肝脏的贮备功能差。“对代偿期肝硬化(肝功能正常)，只要HBeAg阳性者，HBV DNA≥104Copies/ml，HBeAg阴性者，HBV DNA≥103Copies/ml，都需要抗病毒治疗。对失代偿期(肝功能异常)的肝硬化患者，只要被测出有乙肝病毒，就需即抗病毒治疗”，药物选择为核苷类似物。治疗疗程：需长期孕药，不建议停用。
经3年的抗病毒治疗，肝癌的发生率将减少近一半，坚持10年，可使部分早期肝硬化完全逆转;对失代偿期的肝硬化患者，抗病毒治疗可缓解病情，减少肝移植的比例，延长生存时间。
HBeAg阳性慢乙肝HBV DNA≥105Copies/ml，HBeAg阴性慢乙肝HBV DNA≥104Copies/ml，肝功能检查ALT≥2倍正常值需要进行抗病毒治疗；如ALT<2倍正常值，肝脏活检有肝脏坏死、纤维化需要治疗。
药物选择，年轻人多主张选择干扰素(依经济壮况选择国产或进口的都行)，60岁以上的慎选，但不是不可选择，需在医生监督下使用。疗程一般6个月--18 个月，“大三阳”HBeAg转为HBeAb，肝功能稳定不反复、HBVDNA阴转不反弹后，可停用观察，HBeAg阴性者，以肝功能稳定、HBVDNA持续阴转3个月后可停药，停药后应密切监测肝功能和HBVDNA，若有反复，应在医生的指导下分析原因，重新选择抗病毒药物。
使用干扰素早期有发热、肌痛等流感样症状，用解热镇痛药物即可，一般2--3天即获缓解，随后可有血小板及白细胞减少，可予对症处理，若 WBC<2.0*10^9/L，粒细胞计数<1.0*10^9/L，血小板<50*10^9 /10，ALT>10ULN，TBil>2ULN，建议停药护肝观察，有糖尿病、甲状腺、精神性疾病等，建议不用干扰素。更多情况需咨询医生，不要私自使用药物，广告宣传，请慎重考虑。
选用干扰素抗病毒是否有效，通常以24周判断，若HBVDNA下降100倍，认为有效，<10倍认为无应答。当然，也可以在抗病毒之前，查HBV的基因型(有8个基因型)，我们亚洲人群多为B或C型，若为C型，建议不选用干扰素，可选核苷酸类似物。
