肝癌的疗效指标有两种：一种是肝癌的生存指标，另一种是肿瘤的反应指标。生存指标包括总体生存（期）率和无瘤生存（期）率。总体生存（期）率是指患者生存的时间或者在特定时间段生存的百分率，不管患者是否带瘤，只要存活都计算入生存期或生存率。而无瘤生存（期）率是指肝癌患者经过手术切除后无瘤状态下生存期或在特定时间段的生存率。
肝癌的另一种疗效指标是肿瘤的反应指标，主要用于非手术切除的方法的疗效评价，例如应用肝动脉栓塞化疗后，肿瘤是否缩小，肿瘤完全消失了，就叫做完全缓解，肿瘤的最大径缩小超过30%就叫部分缓解，如果肿瘤的最大径缩小不超过30%、增大不超过20%，就叫稳定，如果增大超过20%，或者出现了新的病灶，就叫做疾病进展。
就肝癌的治疗效果而言，目前认为最重要的疗效指标是患者的总体生存期，而肿瘤是否缩小是次要的指标。虽然患者肿瘤没有缩小，但处于稳定状态，患者仍有可能生存较长的时间，这样的治疗仍然是有效的；相反，虽然经过某种剧烈的抗肿瘤治疗使肿瘤缩小了，但不久肿瘤发生了全身多处的转移或者因为治疗的毒性反应致使重要器官功能发生衰竭，那么这样治疗是无效的，也是不可取的。
