1、继发性肝癌：继发性肝癌与原发性肝癌比较，继发性肝癌病情发展缓慢，症状较轻，其中以继发于胃癌的最多，其次为肺、结肠、胰腺、乳腺等的癌灶常转移至肝。常表现为多个结节型病灶，甲胎蛋白检测除少数原发癌在消化的病例可阳性外，一般多为阴性。
2、肝硬化：肝癌多发生在肝硬化的基础上，两者鉴别常有困难。鉴别在于详细病史、体格检查联系实验室检查。肝硬化病情发展较慢有反复，肝功能损害较显著，血清甲胎蛋白阳性多提示癌变。
3、活动性肝病：以下几点有助于肝癌与活动性肝病的鉴别。AFP甲胎球蛋白检查和SGPT谷丙转氨酶必须同时检测。
4、肝脓肿：表现发热、肝区疼痛、有炎症感染症状表现，白细胞数常升高，肝区叩击痛和触痛明显，左上腹肌紧张，周围胸腔壁常有水肿。
5、肝海绵状血管瘤：该病为肝内良性占位性病变，常因查体B型超声或核素扫描等偶然发现。该病中国多见。鉴别诊断主要依靠甲胎蛋白测定，B型超声及肝血管造影。
6、肝包虫病：患者有肝脏进行性肿大，质地坚硬和结节感、晚期肝脏大部分被破坏，临床表现极似原发性肝癌。
7、邻近肝区的肝外肿瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜后肿瘤，来自肾、肾上腺、结肠、胰腺癌及腹膜后肿瘤等易与原发性肝癌相混淆。除甲胎蛋白多为阴性可助区别外，病史、临床表现不同，特别超声、CT、 MRI等影像学检查、胃肠道X线检查等均可作出鉴别诊断。
