到目前为止，肝癌的病因还不很清楚，但现在普遍认为下述的因素可能与肝癌的发病有关。
⑴肝病与肝癌的关系：目前临床上已注意到肝癌的患者常有急性肝炎→慢性肝炎→肝硬变的病史。从病理学的角度分析，在原发性肝细胞癌病人中，约有50-80%的病例伴有肝硬变：而原发性肝癌的胆管上皮细胞癌中，有18.2～50%病例伴有肝硬变。这一数字说明这两种疾病的密切关系，肝癌可能是肝硬化所引起的肝细胞过度再生的结果。另外通过对肝癌病人乙型肝炎表面抗原（hbsag）的测定，发现肝癌病人hbsag的阳性率高达81.82%。这一结果似乎说明以前曾患过乙型肝炎，但两者的关系，尚有待进一步研究。但有一点可以肯定，预防病毒性肝炎，肝硬变，对减少肝癌的发生是十分重要的。
⑵黄曲霉及其霉素：大量的科学试验已经证明，用含有黄曲霉菌或其毒素的食物，喂养实验动物，可引起动物的肝癌。所以有人认为非洲的南部比较潮湿，食物易发生霉变少，肝癌的发病率也比较低。易发生霉变的食物有大米、麦子、大豆、花生、玉米。
⑶其他：食入过多含有亚硝胺类化合物的食物，寄生虫病（主要提肝吸虫即中华分支睾吸虫）。
