APC（抗原提呈细胞）吞噬外来物质并将其呈递给Ｔ淋巴细胞。HBV复制时，病毒颗粒从细胞释放入血流和淋巴，再次进入肝脏感染更多的肝细胞。肝内或其他部位的APC吞噬病毒颗粒，并将其呈递给辅助性T淋巴细胞。辅助性T淋巴细胞分泌细胞因子，又可募集其他辅助性T淋巴细胞、细胞毒性T淋巴细胞和B淋巴细胞，从而消灭病毒。
被病毒感染的非免疫细胞——如被HBV感染的肝细胞——也可在其表面呈递病毒抗原，活化T淋巴细胞。当细胞毒性T淋巴细胞被感染的细胞或APC活化后，它们可直接杀伤被感染的细胞。细胞毒性T淋巴细胞也可分泌细胞因子，清除病毒而无需杀伤感染细胞。
HBV经常持续存在于肝细胞中
即使天然免疫和获得性免疫系统的功能都十分完善，从HBV感染症状中完全恢复的患者也不能将HBV彻底从肝脏中清除，真正的病毒根除十分罕见。其主要原因是在受感染肝细胞的核内形成了一种特殊的病毒DNA——共价闭合环状DNA（cccDNA）。cccDNA为新病毒DNA的产生提供蓝图，即使在治疗时也能持续存在，在某些停止治疗的患者中导致疾病的复发。
HBV可在肝细胞中持续存在并保持复制能力，而不引起有症状的疾病。 如果一个从急性HBV感染中恢复的患者的免疫系统被抑制（如，肿瘤化疗时），HBV感染可能会再次发作。病毒的持续存在也许是临床感染消失后HBV特异性T淋巴细胞应答持续存在的原因。
