一、血氨增高
血氨增高以后，随血流到达脑组织的氨增多，传统的看法是氨与脑内α-酮戊二酸结合，生成谷氨酸及谷氨酰胺，使α-酮戊二酸消耗，而血脑屏障又阻碍了血中α-酮戊二酸进入脑组织，这样使脑内α-酮戊二酸减少，三羧酸循环发生障碍，脑组织得不到足够的能量供应而发生功能紊乱甚至昏迷。
二、蛋白质摄入过多
肝昏迷主要原因是血氨增高。氨主要来自于食物中的蛋白质被肠道细菌所分泌的氨基酸氧化酶分解而产生（蛋白质代谢产物），肝功能严重损害时，肝脏不能通过鸟氨酸循环将氨转变成尿素，然后经肾脏排出体外，故肝昏迷病人限制蛋白质摄入，目的为减少氨的产生和吸收，有利于肝细胞再生和恢复。
三、消化道大出血
消化道大出血后，大量的血液流进肠道里，肠道的细菌会将血液分解成氨成分，过多的氨会导致患者血氨浓度增高，最终导致患者肝昏迷。
四、电解质紊乱
应用大量利尿剂或放腹水过多、肠胃道感染反复呕吐、腹泄等均可以使电解质紊乱。诱发肝性昏迷。
五、大量用利尿剂
大量排钾利尿，而未采取其他预防措施，可引起低钾或低钾性碱中毒，结果会增加肾静脉的含氨量，使血氨增加。大量放腹水可引起蛋白质大量丢失，门静脉瘀血，肝内缺氧而加重肝损害。使患者血容量猛减，血氨的浓度就相对提高，即诱发肝性昏迷。
