中医认为乙型肝炎的发病机理即病因病机有外因和内因两方面，一般认为外因是湿热疫毒，内因是郁怒伤肝、饮食不节，导致脏腑功能失调，阴阳气亏损。病机特点是正虚邪恋，致病缠绵，病情反复波动，具体又可归纳为以下几点：
（1）感受湿热之邪：
湿热之邪蕴结，困阻脾胃，导致运化失常；蕴结肝胆，导致疏泄失常。若湿热之邪微而不著，则见身困乏力，胁痛纳呆；若湿热内盛，熏蒸肝胆，则胆汁外泄，泛滥肌肤，发为黄疸，面目小便俱黄。慢性乙型肝炎患者黄疸之有无、轻重，主要随湿热之轻重、消长而变化。湿热在体内，以脏腑病位分，有偏于肝胆者，有偏于脾胃者；以病邪偏颇而论，有湿重于热者，有热重于湿者，当需明辨。
（2）感受疫疠之气：
中医古代文献早已明确指出，疫毒致病具有症状相似、传染性强的特点，要免受外来疫邪感染，除了人体的抵抗力、免疫力外，还必须注意预防邪毒之气，即要注意个人卫生、严格消毒，以隔离病源。虽然古代没有科学的检测手段，但在宏观上早已认识到预防的重要意义。明代医学家吴又可提出了“戾气学说”，指出“凡邪所客，有行邪有伏邪”、“先伏而后行”，这不仅提示传染病有潜伏期，而且也完全符合慢性肝炎的某些临床特征。所谓“伏邪”包含了一些亚临床型、隐匿型的慢性肝炎；所谓“先伏而后行”，也与本病由无症状的隐匿型转为临床发病型，以及本病活动期与静止期交替出现的临床特征十分吻合。
（3）饮食不节或嗜酒过度：
饮食不节或嗜酒过度皆能损伤脾胃，以致运化功能失职，湿浊内生，郁而化热，熏蒸肝胆，甚则胆汁不循常道，浸淫肌肤而发黄。因饮食不当或贪杯嗜酒致使肝炎迁延不愈或病情复发在临床上是经常可以见到的。
（4）劳逸失当：
祖国医学认为，“肝藏血”，是指肝脏有贮藏和调节血液的功能。这方面的理论已为国外Bradley的研究结果所证实，即当人卧倒时，肝脏中可增加血流25%。因此肝炎患者强调休息。过度疲劳是肝炎迁延不愈或复发的诱因之一。
（5）情志因素：
肝主疏泄的功能不仅是保持脾胃正常消化功能、排泄胆汁的重要条件，而且也是维持人体心情舒畅、气机调顺的前提。因此人的精神活动和肝的关系相当密切。由于“肝喜条达而恶抑郁”，故抑郁等不良情绪又有反过来影响肝的疏泄功能，致使肝报导郁结。出现烦躁易怒，两胁胀痛，嗳气叹息，或咽中梗阻，或妇女月经不调，乳房胀痛结块等。忧郁焦虑多疑等不良情绪对慢性乙型肝炎均有明显的影响。
（6）瘀血：
瘀血既是病理产物，又是致病因素。在慢性乙型肝炎，由于情志抑郁，肝气不舒，气机阻滞，脉络受损，血行不畅，最终导致气滞血瘀的病理改变；或由于饮食不节，损伤脾胃，运化不健，阳气虚损，鼓动无力，血行迟滞，即气虚血瘀。瘀血既成，则又影响气血的运行，导致相关脏腑功能失调，表现为面色黧黑，肝脾肿大，肝区刺痛、压痛，甚则有蜘蛛痣及肌衄、鼻衄、齿衄等出血倾向。上述湿热之邪，疫疠之气，饮食不节，嗜酒过度，劳逸失当，情志因素，瘀血等是慢性乙型肝炎的主要致病因素。这些致病因素作用于人体，引起邪正相争。邪正斗争的消长，直接影响到疾病的临床表现，或为实证，或为虚证，或为虚实夹杂之证；也影响到疾病的预后转归，或为活动及进展，或为迁延缠绵，或为好转乃至痊愈。
本病脏腑功能失调集中体现在肝、胆、脾、胃、肾。无论何种致病因素，其所引起的病理机制不外于肝胆湿热、肝郁脾虚、脾胃失调、肝肾阴虚、脾肾阳虚等几方面的改变，并常兼气滞、血瘀、湿困、痰阻、食积等。
此外，慢性乙型肝炎除了湿热的征象以外，肾精亏损也很多见，表现为体虚乏力，精神委顿，眩晕耳鸣，腰膝酸软等。究其成因，可能与“久病及肾”有关。本病病程较长，湿热缠绵。由于患者携带病毒旷日持久，必然暗耗肾精，所谓“五脏之真，惟肾为根”，“五脏之伤，穷必及肾”。慢性乙型肝炎的现代医学发病机理是机体免疫功能低下导致HBV的持续感染，祖国医学认为，免疫功能低下系属正气不足，而肾精、肾气则为正气的主要内涵。研究表明，许多疾病引起肾虚者其免疫水平均低下，而补肾药物有提高免疫功能的作用，治疗慢性乙型肝炎时补益肾精肾气能提高机体免疫功能，从而促使病情改善。关于这一点，已为长期限的临床实践及研究结果所证实。
