感染乙肝病毒的前数年至十余年间，病毒和机体“和平共处”，血清中表现为大三阳，因此大三阳也反映了机体中病毒在不断复制繁殖，而此时肝脏的损害通常较轻。
更多的被感染者在12-23岁，由于机体免疫系统的成熟，能识别受感染的肝细胞而出现清除这些受感染肝细胞的反应，自然这是机体自身的一种保护反应，其结果是大量病毒被清除，而同时被感染的肝细胞也遭到破坏，此反复的清除、破坏过程，也就是机体自身的自限性愈复（自愈）过程。若干年后病毒基本清除，血清中的E抗体出现，E抗原相继消失，也就是大三阳转成了小三阳。
由此可见，从大三阳转成了小三阳的过程，对大部分的乙型肝炎病人（变异株感染除外）来说象征着病毒被基本清除，或者说基本自愈，若被感染者在25-30岁前完成了此过程，则对肝脏的损害大大降低。
遗憾的是，仍有相当比例（约2/3）的感染者，其自身的清除反应不能完全清除肝内潜伏的病毒。病毒的复制、清除、肝脏的修复周而复始地进行，因此小三阳转为大三阳，大三阳又转为小三阳，病毒始终未得清除。这部分被感染者的未来，则是肝脏不同程度地纤维化，部分病人有可能发展为肝硬化，甚至出现了腹水或癌变，此时尽管转成了小三阳，也仅仅表现病毒大多被清除，但肝脏损害已相当严重了。
部分病人肝硬化后肝炎还在活动，说明清除反应仍在进行，肝脏的损害还在发展，机体自身清除病毒的保护反应，给自身肝脏组织带来了越来越严重的不可逆的损害，最终肝脏则受到病损。总而言之，对乙肝不要过度恐惧，也不能掉以轻心，要早检查，早治疗。
