急性甲型肝炎与乙型肝炎、丙型肝炎鉴别不难。甲型肝炎一般呈流行或暴发，以学龄前儿童及青壮年多见，起病急，常有发热，病前有可疑不洁饮食史，而乙、丙型肝炎多为散发，以成人为主，多无发热。
甲型肝炎与戊型肝炎有时不易鉴别，戊型肝炎亦呈流行或暴发，亦有不洁饮食史，但发病年龄以15～3 9岁年龄组为多，且淤胆型的比例较高，而鉴别诊断的主要依据是病毒特异性免疫学检测。此外，急性重型甲型肝炎须与中毒性及药物性肝炎相鉴别，主要根据病前有无误食毒物或用药史。
急性甲型肝炎并须与EBV感染相鉴别，后者发热时间较长，常有咽峡炎、淋巴结肿大、异型淋巴细胞增多、噬异凝集试验阳性、抗-HAV IgM阳性等。在鉴别诊断时，还应考虑到全身感染性疾病如伤寒、败血症等出现的肝大、黄疸、肝功异常。
如患者系孕妇尚须与妊娠急性脂肪肝相鉴别，该病见于初产妇，于妊娠后期发病，有深度黄疸，急性腹痛，出血倾向，肝肾综合征及昏迷等临床表现，尿胆红素阴性，超声波呈典型脂肪肝波形。
