大多数肝囊肿不需要治疗
肝囊肿与肝血管瘤一样，不是肿瘤，不快速长大、不恶变，对患者无威胁，一般不需要处理。肝囊肿甚少自发破裂，即使破裂，囊肿内流出的液体对人体也无害。由于至今尚未发现肝囊肿的形成与某些食物有关，故肝囊肿患者无需忌口。至今也尚未发现家务、运动、工作对肝囊肿的生长有促进作用，故肝囊肿患者不需要改变自己的生活习惯及工作环境。但为了观察囊肿的变化情况，肝囊肿患者每半年到一年做一次B超检查还是必要的。
特殊情况需及时处理
巨大肝囊肿：少数肝囊肿生长速度较快，当囊肿直径超过10厘米时，医学上称之为巨大肝囊肿。巨大肝囊肿容易引起压迫症状，会影响患者的生活和工作，应积极治疗。治疗方法主要有两种：一是肝穿刺抽取液体，即在B超引导下，用细针将囊肿内的液体抽出，然后再注入酒精，使囊肿不再长大。二是肝囊肿“揭顶”手术，即在吸净囊液后，将大部分囊壁或所有游离的囊壁切除，就像将房顶揭掉一样。此外，肝囊肿手术也可在腹腔镜下进行。
囊肿继发感染：肝囊肿继发感染时，患者可有肝区疼痛、发热、血白细胞升高等炎症表现，应及时进行抗感染治疗。
囊肿继发出血：少数肝囊肿的囊壁血管可自发破裂，导致囊内出血。有的患者无明显症状，也有的患者会出现肝区剧烈疼痛，酷似急腹症。若保守治疗无效，应进行手术治疗。
囊肿扭转：当悬垂型肝囊肿发生扭转时，患者会出现剧烈腹痛，手术可能是唯一的治疗方法。此现象甚为罕见。
