X射线检查，常见的征象为右膈抬高，运动受限。B型超声波检查，可用以确定肝内脓肿的部位、数目和大小。超声波检查不能区别肝脓肿的性质，但可提供肝穿刺的适宜位置。肝穿刺抽脓对于判断肝脓肿的性质十分重要。
要注意区别肝包虫病如果怀疑肝包虫病（肝大、超声检查有含液体的腔，但不发热，无明显疼痛），不宜进行肝穿刺，应先进行包虫病皮肤试验。阿米巴性肝脓肿的脓液呈巧克力色，若有黄色或白色的脓汁，需进行细菌培养，放射性核素扫描及电子计算机X射线断层成像（CT）亦有助于判断脓腔的位置和大小。
肝囊肿主要依赖影像检查进行诊断。在影像诊断中超声波检查最为重要。在肝囊肿的定性方面，一般认为超声波检查比CT更准确。但在全面了解囊肿的大小、数目、位置以及肝脏和肝脏周围的有关脏器时，特别是对于需行手术治疗的巨大肝囊肿患者，CT检查对于手术的指导作用显然优于B超。一般情况下，肝囊肿患者并不需要作彩色超声及磁共振（MRI）检查。化验检查对肝囊肿的诊断价值不大。通常，肝囊肿并不导致肝功能的异常。但有时为了鉴别诊断，作某些血液检查仍然是必要的，特别是血液甲胎蛋白（AFP）检查，以排除原发性肝癌。
肝脓肿一般都要考虑手术。单发性肝脓肿施行切开引流。由于多发性肝脓肿多继发于胆道疾患，因此大都需要施行胆道探查。须根据不同的情况采取相应的手术治疗，如胆道探查取石、胆囊切除、切开引流或内引流术和肝叶切除等。还要根据致病的细菌，选用适当的抗生素。
