当囊肿直径达10多厘米时可能会出现压迫症状，比如压迫胃、压迫肠出现上腹部饱胀感；压迫膈肌影响呼吸；肝门部的囊肿压迫胆管可出现黄疸；多囊肝压迫使正常肝组织越来越少，肝功能受到影响。如果囊肿内细菌入侵感染，可以出现腹痛与发热。
创伤性肝囊肿除了有外伤史外，可以有右上腹部疼痛，发热等。
炎症性肝囊肿常见的症状是反复发作的腹痛、发热、黄疸。
肿瘤性肝囊肿可以出现腹部膨隆、腹胀、消瘦等。
肝包虫性可以有过敏反应、腹痛、腹胀、腹部包快、肝大、发热、黄疸、腹水等。
