1、巨大肝囊肿。少数肝囊肿生长速度较快，当超过10厘米直径时，可称之为巨大肝囊肿。巨大肝囊肿容易引起压迫症状，影响生活和工作，可考虑进行治疗。
2、囊肿继发感染。肝囊肿一般很少继发感染，但少数肝囊肿可继发感染，这些患者可有肝区疼痛、发烧、血白细胞升高等炎症表现，B超检查可显示增厚的囊壁、液性暗区及混杂的增强光点（提示脓液）。对这些患者不应继续观察，而应及时治疗。
3、囊肿继发出血。少数肝囊肿的囊壁血管可自发破裂导致囊内出血。有的患者并无明显症状，但也有的患者肝区剧烈疼痛，酷似急腹症，如保守治疗无效应进行手术治疗。
4、囊肿扭转者。这是指悬垂型囊肿，囊肿扭转会产生剧烈疼痛，手术也许是唯一的治疗方法。但这种悬垂型肝囊肿甚为罕见。
