（1）囊肿扭转者：指悬垂型囊肿。扭转后因缺血坏死会产生剧烈疼痛。对此，手术可能是惟一有效治疗方法。不过这种悬垂型肝囊肿甚为罕见。
（2）囊肿继发感染：肝囊肿一般很少继发感染，但少数肝囊肿可继发感染，这些患者可有肝区疼痛、发热、白细胞升高等炎症表现，B超检查可显示增厚的囊壁、液性暗区及混杂的增强光点（提示脓液）。对这些患者应及时到医院治疗。
（3）囊肿继发出血：少数肝囊肿的囊壁血管可自发破裂导致囊内出血。有的患者并无明显症状，但也有的患者肝区剧烈疼痛，酷似急腹症，如守旧治疗无效应进行手术治疗。
（4）巨大肝囊肿：少数肝囊肿生长速度较快，当囊肿直径超过10厘米，称之为巨大肝囊肿。近年来，有采用超声引导下进行囊肿穿刺抽液，囊腔内注入适量无水酒精，可使囊腔闭合；单发性巨大囊肿也可考虑切除；多发性囊肿可考虑部分肝切除术。
