肝囊肿生长缓慢，多数病人无明显症状。当囊肿长大到一定程度时，可压迫邻近脏器，如胃、十二指肠和结肠等，常见有食后饱胀、食欲差、恶心、呕吐，右上腹部不适和隐痛等症状，少数囊肿破裂，囊内出血，带蒂囊肿扭转可出现急腹症。
囊内感染时有畏寒、发热、白细胞升高，体检时可有肝大或上腹肿块。少数可因囊肿破裂或囊内出血而出现急腹症等，压迫胆管引起阻塞性黄疸者较少见。若带蒂囊肿扭转时，可出现突发性右上腹绞痛，如囊肿内发生感染，则病人往往有畏寒、发热，白细胞增多等症状。
肝囊肿一般是没有症状的。当囊肿长大到一定程度，可能会压迫胃肠道而引起症状，如上腹不适饱胀；也有因囊肿继发细菌感染而有腹痛、发热的。随着影象诊断学的发展及普及，尤其是B超已列为人群体格检查的常规之一，而B超对肝囊肿的检出率可达98%，所以发现本症的不少。
