1、胆道系统
此为我国患者目前最重要的感染途径。在有胆道阻塞和继发感染的病例，如胆总管结石、胆道蛔虫或华支睾吸虫病等并发急性化脓性胆总管炎者，细菌可沿胆道上行，感染肝脏而形成肝囊肿。
2、门静脉系统
腹腔感染（如坏疽性阑尾炎、化脓性盆腔炎等）、肠道感染（如溃疡性肠炎、菌痢等）、痔核感染等可引起门静脉属支的血栓性静脉炎，其脓毒性的栓子脱落后可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝囊肿。由于抗生素的广泛应用，此途径的感染已少见。
3、淋巴系统
肝脏的邻接部位如有化脓性病灶如胆囊炎、膈下脓肿及胃、十二指肠穿孔等，细菌可经淋巴系统侵入肝脏。
4、血液感染
体内任何部位的化脓性感染，如上呼吸道感染、急性骨髓炎、亚急性心内膜炎、疖和痈等并发菌血症时，病原菌可由肝动脉入肝。
5、直接侵入
当肝脏有开放性损伤时，细菌可经由创口直接侵入。有时肝脏的闭合性损伤形成肝脏的被膜下血肿后，肝脏内原有的细菌可使血肿转化为脓肿。
6、其他原因不明的方式
不少肝囊肿并无明显原因，如隐匿性肝囊肿。可能体内存在某种感染性病灶，当机体抵抗力减弱时，偶然的菌血症引起了肝脏的炎症和脓肿。有报道指出，隐匿性肝囊肿中25%伴有糖尿病。
