第一、先天性因素
这是肝囊肿疾病的主要发病因素。其实，先天性因素患病的肝囊肿患者已经占到了患者总数的90%以上。这种疾病是因为患者在胚胎发育时期出现问题导致，也就是说，该疾病是在胚胎发育的时候就已经出现，和后天性疾病在时间上有着绝对区别。多数患者的先天性肝囊肿问题不大，年轻时期基本上没有什么影响，但是到了中老年时期，肝囊肿问题就比较明显。
有患者听到先天性肝囊肿以后就特别恐惧，觉得所有先天性疾病都是很严重的病变。但是肝囊肿并不是这样。医学上将其称作为一种良性囊肿。它并不是肿瘤疾病，同时也不是说患者患上了肝癌疾病。该疾病不会导致患者患癌。
第二、寄生虫导致囊肿
根据是否是因为寄生虫导致的疾病，后天性疾病还能分成寄生虫性和非寄生性两种。寄生虫性疾病通常是因为和牲畜的接触而患病。因此患病人群多为西部牧民，另外，有一些食物上面可能含有这种虫卵，如果大家不小心食入，也可能会换上肝囊肿疾病。因为食物这些食物的时候，虫卵可能在血液流动的同时进入到肝脏里面，所以慢慢就成了肝囊肿。
第三种、胆小管病变导致的囊肿
胆小管病变可能引发的疾病也不是一种，但是肝囊肿必然是其中之一。胆小管病变主要包含出现水肿或者是炎症问题，这些问题会导致胆汁潴留，从而也可能会引发此类病变。这类问题所引发的肝囊肿通常是单个性囊肿。如果胆小管因为挫伤等问题导致破裂，就会导致囊肿里面有很多胆汁甚至是血液，这也是囊肿的一种症状。
第三种、肝脏损伤引发囊肿
这和胆小管挫伤有很大相似性。当肝脏出现问题时也可能会引发囊肿。但是此囊肿和先天性因素产生的肝囊肿有着本质区别，因此也可以成为一种假性囊肿。肝脏损伤会导致血肿问题，或者是部分组织出现坏死，结果就出现了囊腔。
