1、剖腹行囊肿开窗引流或囊肿切除术
此手术方式是传统的开腹手术，它切口长、创伤大、出血多、恢复慢，同时还可能具有开腹手术的常见并发症。但是引流良好。是较传统的手术方式，也是治疗肝囊肿的主要手术方式之一。由于它是有创而且是大创的手术方式，目前已少用，仅在一些需要同时处理其他病变时应用。
2、B超引导下肝囊肿穿刺抽液无水酒精注射术
此手术创伤虽小但需反复穿刺抽液，具有复发及感染的可能。仅用于体质较弱的老年病人和伴有其他重要器官疾病的病人。治疗不彻底。同时无水酒精的囊内注入可能外渗损伤周围组织。发生严重的并发症。目前已基本不应用。
3、腹腔镜肝囊肿开窗引流术
此手术是现代国内外治疗肝囊肿最常用的手术方式，其特点是：既达到彻底开窗引流的目的，又可避免剖腹手术和反复穿刺带来的并发症，且手术创伤小、出血少、恢复快住院时间短，是目前治疗肝囊肿首选最佳的方法。腹腔镜肝囊肿开窗引流手术，目前已是肝胆外科相当成熟的手术方式，应用广泛，有条件的医院均能进行手术，它对于向肝表面突出的较大的肝囊肿更为适用，它使肝囊肿开窗引流手术从过去的大切口、大创伤转变为微创化，使开窗引流达到最佳化。
