1、术中应注意开窗必须够大，一般至少应达囊肿直径的1/3以上。部分疗效不满意的病例，通常是因开窗较小，引流口与周围组织粘连而封闭，致使囊液又积蓄在囊腔内，因此开窗应尽可能将无肝组织的囊壁切除，至少在1/3以上，使开口尽量扩大，并可减少残留囊肿的分泌量。
2、切缘应仔细缝扎止血。
3、对存在并发症的囊肿，应先处理并发症。当囊液内混有胆汁时，在囊壁部分切除后，应注意寻找胆管开口，并予以妥善缝扎，必要时可行胆总管切开“T”管引流术，以利胆瘘的闭合。多房性肝囊肿的房间隔常有较多血管支，有的较粗大，由于囊内压力高致使血管腔萎缩，常不易辨认，如不慎损伤则出血量较大，故在处理房间隔时、必须在直视下进行。合并囊内感染或脓肿，可在囊内放置引流管引出腹外。待感染控制后，可经引流管注入硬化剂以使残腔闭合。
4、尽量避免囊肿-空肠吻合术以免引流不充分而发生感染。如果确有需要亦仅用于合并胆瘘的孤立性巨大囊肿，禁用于多囊肝以免感染波及邻近的囊肿而导致无法控制的严重后果。行囊肿-肠道吻合时，应最大限度地切除囊壁，并做到低位引流。
