在东南亚、非洲、太平洋岛屿和北极等乙型肝炎感染的高发区，有两条主要的传播途径，即母亲感染围产期的婴儿以及儿童早期受HBsAg阳性家庭成员感染的水平传播，而在西方国家等低发区，青少年和成人感染的途径主要是高危的性行为和静脉注射。
HBV感染是基于病毒-宿主相互作用发生的复制和非复制(或低水平复制)一种动态过程。HBV感染有三个阶段，第一阶段为免疫耐受阶段，表现为HBsAg阳性、HBeAg阳性和HBV-DNA高水平表达，它常见于那些产期感染的病人，并可持续存在数十年，患者临床表现无症状、ALT正常或轻度升高，轻度的组织学改变提示对感染的肝细胞缺乏或存在很轻微的免疫反应，转基因小鼠的动物实验证实了HBeAg可以引起初生小鼠对HBV的免疫耐受状态。第二阶段为免疫清除阶段，患者免疫耐受消失进入免疫活跃阶段，表现为HBV-DNA滴度下降，ALT升高和组织学炎症活动，这一阶段可以持续数月到数年。第三阶段为低水平或无复制阶段，这一阶段血清HBV-DNA水平明显下降而不能用杂交技术检测出来，随后ALT水平恢复正常，肝细胞坏死炎症缓解，血清HBV-DNA仍可以通过高灵敏度的PCR技术检测出阳性，这一阶段也称为非活动性HBsAg携带状态。非活动性抗原携带状态可以持续终生，但也有一部分患者随后可能出现自发的或免疫抑制等导致HBV-DNA复制，出现伴或不伴HBeAg血清转换的HBV-DNA滴度升高和ALT升高，具体原因不详。前C区和C区变异株可以通过阻止和下调HBeAg表达而引起HBeAg的血清转换。
那些HBsAg阴性和抗-HBs阳性的病人通常都被认为是乙型肝炎病毒感染恢复期，在慢性HBV感染中是不常见的，在这时用PCR方法可以在血中检测出HBV-DNA，而在肝组织中有更高的阳性检出率，在极少数重度免疫抑制的患者中，如肿瘤化疗或器官移植等痊愈期患者肝炎可以重新活动。
