乙肝的致病原是乙肝病毒。乙肝病毒抵抗力极强，在60℃的条件下都难以将其杀灭，在100℃的高温下能存活7-8分钟左右。在各种类型的肝炎中，乙肝病毒潜伏期最长，在4-22周之间。
乙肝病毒在肝细胞内生存、复制后。再排出到血液中，所以不仅血流中病毒高负荷，而且肝脏的大多数肝细胞都被感染。乙肝病毒本身并不直接引起肝细胞的病变，只是在肝细胞内生存、复制，其所复制的抗原表达在肝细胞膜上，激发人体的免疫系统来辨认，并发生清除反应。
人体感染乙肝病毒后，由于机体免疫功能不同，从而病程发展也不同。如果机体的免疫功能健全，免疫系统被激活后识别乙肝病毒，攻击已感染病毒的肝细胞并清除之，这就导致了急性乙肝;如果机体的免疫功能被激活，但处于低下状态，机体对已感染病毒的肝细胞反复攻击，但是又不能完全清除之，导致肝组织慢性炎症反复发作，这就是慢性乙肝;如果机体的免疫功能处于耐受状态，不能识别乙肝病毒，因此不攻击已感染病毒的肝细胞，病毒与人"和平共处"，这就是乙肝病毒携带者。
发病机理：乙肝病毒感染人体后，病毒本身并不不给直接引起肝细胞的病变。只是在肝细胞内生存、复制，潜伏期6周～6月，一般为3个月左右。其所复制的抗原表达在肝细胞膜上，激发人体的免疫系统后对其发动攻击和清除反应。
乙肝复发的原因：较为复杂，可以是单因素的，也可以是多因素，总结起来，主要有以下几个方面。
1.劳累 慢性乙肝患者的肝脏承受负荷的能力本来就低于健康人，而劳累（包括体力劳动和脑力劳动），尤其是过度劳累可以导致肝脏负担加重，促使乙肝病毒复制加剧，导致乙肝复发。
2.饮酒与饮食紊乱 饮酒是引起乙肝复发的最主要原因之一。酒在肝内氧化，形成有害物质乙醛，可以直接毒害肝脏。饮食方面，油腻、油炸、辛辣等食物会加重胃肠负担，间接诱使肝炎发作。
3.滥用药物 许多药物有肝毒性，例如抗结核药、口服降糖药、解热镇痛药等，服用这类药物很容易引起乙肝复发。
4.患其他疾病 感冒、腹泻、胆囊炎等疾病可以诱发肝功能异常，使乙肝复发，尤其是重叠感染其他类型肝炎病毒时，往往病情加重。
5.不规范使用抗病毒药物 现有的乙肝抗病毒药物（干扰素、拉米夫定、恩替卡韦等）都能有效抑制乙肝病毒的复制，但不能彻底清除它们。这类药物的使用有其剂量和疗程的要求，不能随意停药。在不规范停药后，乙肝病毒常会再度复制、活跃。这也是目前乙肝复发的最常见原因之一。
