创伤性肝囊肿如果没有感染或胆汁潴留，可以自行吸收。否则需要做穿刺引流或手术引流。
炎症性肝囊肿需要手术治疗原发病如胆管结石、胆道狭窄等。
肿瘤性肝囊肿常常需要手术进行切除。
肝包虫性囊肿需要手术治疗。
先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理。
先天性肝囊肿处理的原理很简单，就是把“水球”内的水引出来或让其不再产生水。包括①囊肿穿刺抽液术，②囊肿开窗术，③囊肿引流术，④囊肿切除术，⑤肝移植术。小一点的囊肿通过穿刺注入无水酒精、破坏囊肿上皮细胞，使其不再产生水，囊肿也就不会长大了。大的囊肿可通过微创手术（腹腔镜）在囊肿上开一个口子，让水引流至腹腔，水就可以吸收了。有些囊肿需要切除部分肝脏。
如果是多囊肝采取上述处理就比较困难了，当其影响了肝功能时，唯一的办法就是肝移植了。
先天性肝脏囊肿目前还没有预防办法。也不能通过药物治疗和预防。重要的是定期体检与复查。
