1、饮食因素
通常情况下，肝囊肿之所以会发生，与患者平时的生活习惯是密切相关的。长期进食霉变食物、含亚硝胺食物、微量元素硒缺乏是重要的肝囊肿的病因。黄曲霉毒B1是目前已被证明有明确致癌作用的物质，主要存在于霉变的粮食中，如玉米、花生、大米等。另外当摄食大量的含有亚硝酸盐的食物，亚硝酸盐在体内蓄积不能及时排出，可以在体内转变成亚硝胺类物质，亚硝酸盐含量较高的食物以烟熏或盐腌的肉制品为著，具有明确的致癌作用。同时肝囊肿的病因也与遗传因素、寄生虫感染等因素相关。
2、病毒性肝炎
根据流行病学的相关统计显示，乙肝疾病流行的地区往往也是肝囊肿疾病的高发地区，患过乙肝的人比没有患过乙肝的人患肝囊肿的机会要高10倍之多。长期的临床观察中发现，肝炎、肝硬化、肝囊肿是不断迁移演变的三部曲。近来研究表明，与肝囊肿的病因有关的病毒性肝炎主要包括乙型肝炎HBV、丙型肝炎BCV，而其中又以乙型肝炎最为常见。这也是重要的肝囊肿的病因。
