肝囊肿的诊断并不困难。除上述临床表现外，B型超声检查是诊断肝囊肿的一种可靠而简易的方法。肝囊肿B型超声检查显示液性暗区，多发性肝囊肿可出现多个大小不等的液性暗区，肝功能检查在正常范围内。
巨大孤立性肝囊肿应注意与胰腺囊肿、胆管积水、卵巢囊肿肠系膜囊肿、和肾囊肿肝包虫囊肿等鉴别。
肝囊肿应与哪些基本疾病相鉴别？
1、多囊肝在诊断过程中应注意与肝海绵状血管瘤等相鉴别；多发性肝囊肿还应注意肾、肺以及其他器官有无囊肿或先天性畸形，如发现多换肾，则对确诊多经肝很有帮助。强化CT扫描和MHI可鉴别，选择件肝动脉造影对诊断也有帮助。
2、胆经积水有胆囊炎病史，于胆囊区可触及表面光滑有压痛的肿块，这些表现都可以作为鉴别时的参考。
3、巨大卵巢囊肿或肠系膜囊肿主要位于脐区、耻区，而肝脏大小正常，一般容易鉴别。
4、肝左外叶巨大孤立性囊肿有时易与胰腺囊肿相混淆。前者位于肝脏，囊肿随呼吸上方移动，无压病被推向下后方，而后者位于胃后深部，有压痛，常有胰腺炎病史，被推向前下方，放射性核素肝扫描与B型超声诊断可以鉴别。右肾与心侧肝脏相邻，故有时右侧肾盂积水或右侧囊肿易与右肝囊肿相混淆，但借助肾盂静脉造影、超声检查和放射性核素肝仍可鉴别。
5、肝包虫囊肿虽位于肝脏，但患者多米自牧区，有羊、大等接触史。囊肿张人较大，触之硬切，们之有层额，皮内试验阳性等特点，—般也容易鉴别。
