经过对乙肝病毒携带者进行肝穿刺、做病理检查后发现，仅有10%的人肝组织正常；约有70%的人有轻型肝炎和非特异性反应性炎症；约有20%的人有明显的活动性炎症；有的甚至已出现肝硬化。所以，乙肝病毒携带者应该及时进行治疗。
现在能使乙肝表面抗原阳性转阴的药物广告随处可见。但迄今为止，人类还没有生产出这方面的特效药。2000年病毒性肝炎学术会议将乙肝病毒携带者的处理原则改为：可让其照常工作，应定期对其随访，动员其做肝穿刺检查，以便进一步为其确诊和做相应的治疗。
那么什么样的乙肝病毒携带者需要治疗呢？
①做肝穿刺活检后，发现肝脏有炎症病变时，应该治疗。肝穿刺活检一般不会损伤肝脏，大约仅有0.3%的患者会有出血等并发症；而且如果医师操作手法熟练，完全可以避免出血。
②经检测，乙肝病毒的脱氧核糖核酸（HBV-DNA）呈阳性者应该治疗。建议乙肝病毒携带者每年至少做两次HBV-DNA检测。
“三联疗法”治疗乙肝病毒携带者
现在对乙肝病毒携带者使用左旋咪唑涂布剂，同时接种乙肝疫苗，并联合使用潘生丁（即所谓“三联疗法”），对减少肝组织的损害有一定疗效。此三联疗法药费不贵，适合一般患者。
另外，使用有些研究的乙肝特异性免疫疗法（俗称乙肝治疗性疫苗），能打破人体对乙肝病毒的免疫耐受（即人体无法选择性地清除乙肝病毒的特性）。此免疫疗法可望在乙肝表面抗原阳性转阴方面产生突破。
