慢性乙肝的抗病毒治疗，为延缓疾病进展、防止肝纤维化和肝硬化、提高患者的生存期和生活质量提供了有效手段。但是，并非所有患者在治疗过程中都能获得满意的抗病毒效果。那么，如何来避免这些抗病毒治疗过程中的不理想状况，在此有几点建议：
选择一个比较好的治疗时机来提高抗病毒效果。一般来说，要在肝脏的炎症期是比较好的治疗时机，也就是说在丙氨酸转移酶（ALT）正常值2倍以上为宜。因为这时候肝脏有炎症反应，有清除病毒的潜能，加上外在的抗病毒治疗，就有利于更快速、完全地抑制病毒。如果ALT长期反复波动在较低水平，可以作肝穿，对肝组织学作更客观的评估，特别对40岁以上的乙肝患者。如确有比较明显的炎症或纤维化，即使ALT不很高也可以选择抗病毒治疗。
药物选择。目前经我国批准上市的慢性乙肝抗病毒治疗药物分为两大类：干扰素和核苷（酸）类物。应当选择对病毒抑制作用比较强而快速、耐药发生率较低的药物，争取在较短时间内将病毒抑制在尽可能低的水平（最好是检测不出），以此来提高远期抗病毒疗效和减少耐药。干扰素有其治疗的疗程相对较短、不会产生耐药等优势，但相对来说治疗时机体反应较大，价格比较昂贵；而核苷（酸）类似物有服用方便、副反应小、机体容易耐受等优点，但用药时间长，治疗中容易产生耐药。通常药物的具体选择可以由患者和医生沟通后共同决定。因为这牵涉到各地药物提供的品种不同，患者年龄不同，所能适应的治疗条件不同，所处疾病状态不同，各人的经济承受能力不同等等，这些都是很现实的问题。所以要因地制宜，恰如其分地慎重考虑，而一旦决定了以后，则希望能遵守医生的嘱咐，坚持治疗。
患者的依从性，也就是患者能否严格执行医生嘱咐的程度。这十分重要，因为目前所采取的抗病毒治疗是尽可能将病毒抑制在最低水平，还不能完全清除体内的病毒，也就是说一旦停药，对病毒的抑制作用去除了以后，病毒完全有再活动的机会。有些患者接受抗病毒治疗后，病毒载量很快下降，甚至检测不出，觉得效果十分理想，便自行停药、减量或换药，这些都是不可取的，而且是应该规避的行为。
根据我国最新（2010年）更新的“慢性乙型肝炎防治指南”，对于e抗原阳性的慢性乙型肝炎，如果用干扰素治疗，疗程应为半年到一年。如果病毒抑制有效，可延长疗程至一年半或更长，以此减少复发；如果用核苷（酸）类似物治疗，基本疗程也至少一年，待病毒检测不出、肝功能正常、e抗原消失，并出现e抗体后，每6个月监测一次，保持2次以上，这样也至少需要2年，延长疗程可减少复发。对于e抗原阴性者，无论干扰素或核苷（酸）类似物，疗程至少一年，当乙肝病毒检测不出，ALT正常后坚持一年半以上（其中至少复测3次都能保持以上结果）才可考虑是否停药，即使停药后也要严密随访，一旦有反复要及时开始重新治疗。最近更有专家提出要力争表面抗原消失，甚至出现表面抗体，以减少停药后的复发。所以，这是一个相当漫长的治疗过程。如果随意停药、换药或者减量都会造成已经取得的治疗成果丧失，并给以后重新治疗时的药物选择造成困难。
其他因素。抗病毒的疗效还与许多因素有关，譬如年龄、性别、感染方式（是否为母婴或垂直传播）、感染时间（是年幼或成年）、病毒载量的高低、病毒的基因型等等，以及药物进入患者个体后的体内过程各不相同。一般来说女性患者，非母婴传播的，病毒载量比较低的治疗效果会比较好。
有些因素是客观存在而难以改变的，包括年龄、性别和病毒因素，但有些是通过医疗行为可以来创造有利因素的。所以希望能通过捕捉有利的治疗时机、选择合适个体的药物、增加依从性等来提高抗病毒疗效，在有限的医疗资源中获取更大效益。
