1、乙肝疫苗质量问题：
疫苗超过有效期，或是长时间放置有沉淀等都会影响效果。
2、自身免疫状况：
乙肝疫苗的效果与机体免疫状况息息相关，故有免疫缺陷的机体对乙肝疫苗的应答能力明显降低。
3、其他：
3.1 接种剂量不足：
成人一次接种10ug，儿童、新生儿保守剂量为5ug，剂量不能太少，否则就不能使人体产生抗体。
3.2 接种程序不正确：
目前临床接种乙肝疫苗，均按0-1-6方案接种，接种第一针乙肝疫苗后，第2、3针乙肝疫苗需分别间隔一个月、六个月后接种，一般来讲按此程序全程接种完三针乙肝疫苗后，接种人体内均可产生乙肝保护性抗体。
3.3 接种部位不正确：
成人接种部位为上臂三角肌；儿童接种部位为上臂三角肌，新生儿接种部位为大腿前部外侧肌肉内，其他效果不佳。
