抑制了e抗原的合成，所以我们查不到e抗原，但病毒却是很厉害的。大部分e抗原阴性、e抗体阳性和乙肝病毒DNA阳性的乙肝病人体内都存在有乙肝病毒的核前或核突变种（核部分有e抗原的密码）。乙肝小三阳的特点是：病毒不停地繁殖，或断断续续繁殖但不会长期停止、严重的肝脏坏死性炎症和进行性纤维化，很多患者发展成肝硬化以及肝癌，研究显示，大约有40%的病人都有肝硬化出现。
乙肝病毒免疫能力极强，在60℃的前提下都很难将其消灭，在100℃的高温下能生存7~8分钟左右。
乙肝病毒在肝脏细胞内成活、复制后。再排出到血液中，故不仅血流中病毒高负荷，并且肝脏的绝大多数肝脏细胞都被传染上。乙肝病毒自身并不直接引起肝脏细胞的加剧，只不过在肝脏细胞内生存、复制，其所复制的抗原表达在肝脏细胞膜上，作用人体的防御系统来辨认，并产生清除反应。
人体传染乙肝病毒后，因为机体免疫能力不同，从而病程开展也不同。若是机体的免疫能力健全，防御系统被激活后辨别乙肝病毒，攻击已传染病毒的肝脏细胞并清除之，这就造成了急性乙肝患者。
若是机体的免疫功能被激活，但处在低下状况，机体对已染上病毒的肝脏细胞反复攻击，可是又不能全部清除之，造成肝组织慢性炎症频繁复发，这便是慢性乙肝小三阳；若是机体的免疫能力处在耐受状态，无法辨别乙肝病毒，故不攻击已感染病毒的肝细胞，病毒与人和平相处，这便是乙肝小三阳病原携带者。
