大多数慢性乙肝病毒感染者感染后的自然发展规律分为4期：免疫耐受期、免疫清除期、非活动或低（非）复制期和再活动期。
自幼感染乙肝病毒时，一般处于“免疫耐受期”。这是因为免疫系统没有认清乙肝病毒这一入侵之敌，与乙肝病毒“和平共处”，容忍耐受，没有改动清除病毒的“战争”。因此，感染者病毒复制量很高，HBV DNA常常大于>2×106 IU/ml，乙肝五项血清学检测结果为e抗原阳性、e抗体阴性的“大三阳”状态，而肝功能正常，肝组织没有明显炎症或炎症和纤维化程度很轻。
随着年龄增长，机体免疫系统“发现”了入侵的乙肝病毒，开始对感染病毒的肝细胞发动免疫“战争”，进入“免疫清除期”。此期的感染者仍为乙肝“大三阳”，病毒复制量也很高。由于长期的免疫耐受状态，大多数慢性乙肝病毒感染者体内的免疫功能往往不能有效地清除乙肝病毒，免疫战争的结果常常是“两败俱伤”，肝细胞受到严重破坏。
