HBeAg阴性的慢性乙型肝炎这类患者一般病程较长，年龄相对较大，男性较为多见；常有持续或间歇性病毒复制和乙肝病毒前C区基因变异，血清转氨酶和HBVDNA水平异常波动；病情不会自行缓解。
常见严重肝组织炎症坏死和进行性肝纤维化，约40%伴肝硬化，抗病毒治疗的效果相对较差。若检测为乙肝“小三阳”的患者要定期复查肝功能、HBVDNA，若出现异常，应及早就医，采取抗病毒、整体调节免疫治疗，能有效控制病情的发展，否则不及时医治会导致肝硬化、肝衰竭，使病情进一步恶化。
一般来说，大三阳患者经过治疗都会转成小三阳，大三阳转化成小三阳的过程，对大部分的乙肝患者（变异株感染除外）来说象征着病毒被基本清除，或者说基本自愈，将来不会再有肝炎活动，若被感染者在25-30岁前完成了此过程，则将来基本不会发生肝硬化、肝癌了。
也有患者问到这样的问题：小三阳会转大三阳吗？但仍有相当比例（约2/3）的小三阳被感染者，其自身的清除反应，不能完全清除肝内潜伏的病毒，在若干周、月、年，病毒的复制、清除、肝脏的修复周而复始地进行。
因此，小三阳又转为大三阳，大三阳又转为小三阳，病毒始终未得到清除，这部分被感染者的未来，则是肝脏不同程度的纤维化，部分小三阳患者40岁左右已发展为肝硬化，甚至出现了腹水或癌变，此时尽管转成了小三阳，也仅仅表示病毒被大多清除但肝脏损害已相当严重了。
