乙肝小三阳是一种慢性的疾病，它的病程可长达患者的一生，所以对患者的危害从长远来看是比较大的。但是目前对乙肝小三阳的治疗还存在着一定的难度，这种疾病为什么这么难以治疗呢？主要是下面的原因。
现在人们还没有找到完全治愈乙肝小三阳的方法，而且相关的治疗药物也有一定的适应症，不是所有的感染乙肝病毒的人都能应用。抗乙肝病毒药都有其局限性，目前所有抗病毒药都对乙肝病毒复制的原始模板（cccDNA）无效，一旦停药，乙肝病毒就很快以cccDNA为模板继续复制，结果大量新生乙肝病毒又猖獗起来，造成肝病复发。
另外，乙肝病毒是一种较为特殊的病毒，它的变异性是比较强的。在抗病毒药物作用下和人体免疫压力下，病毒常常发生变异，这可导致乙肝治疗失败。“是药三分毒”，抗乙肝病毒药也有毒副作用，所以乙肝抗病毒治疗应该因人而异。
由此可见，乙肝小三阳之所以难以治疗，这是由多种因素决定的，首先是乙肝病毒比较顽固，易变异，较难以彻底杀灭，另外现在人们还没有真正治愈疾病的药物，而且相关的药物对肝脏的损害也比较大。
