青少年时期，由于机体免疫系统的成熟，能识别受感染的肝细胞而出现清除这些受感染肝细胞的反应，自然这是机体自身的一种保护反应，其结果是大量病毒被清除，而同时被感染的肝细胞也遭到破坏，如此反复的清除、破坏过程，也就是机体自身的自限性愈复（自愈）过程。若干年后病毒基本清除，血清中的e抗体出现，e抗原相继消失，也就是从乙肝大三阳转成了乙肝小三阳。由此可见，从乙肝大三阳转成乙肝小三阳的过程，对大部分的乙肝病人（变异株感染除外）来说象征着乙肝病毒被基本清除，或者说基本自愈，将来不会再有肝炎活动，若被感染者在25-30岁前完成此过程，则将来基本不会发生肝硬化、肝癌了。
遗憾的是，仍有相当比例（约2/3）的被感染者，其自身的清除反应，不能完全清除肝内潜伏的病毒，在若干周、月、年后，乙肝病毒的复制、清除、肝脏的修复周而复始地进行，因此乙肝小三阳又转为乙肝大三阳，乙肝大三阳又转为乙肝小三阳，甚至始终是强强、弱弱的乙肝大三阳而病毒未得清除，这部分被感染者的未来，则是肝脏不同程度的纤维化，部分病人40岁左右已发展为肝硬化，甚至出现了腹水或癌变，此时尽管转成了乙肝小三阳，也仅仅表示病毒被大多清除但肝脏损害已相当严重了。部分病人肝硬化后肝炎还在活动，说明清除反应仍在进行，肝脏的损害还在发展，机体自身清除病毒的保护反应，给自身肝脏组织带来了越来越严重的不可逆的损害，终极可使人生终于肝脏的病损，真是不可思议而伤心的结果。
由此可见，乙肝大三阳转为乙肝小三阳若在25-30岁以前完成，对机体来说是完成了清除病毒的过程，肝脏的损害也较轻；假如乙肝大三阳转来转去，或持续乙肝大三阳，而清除反应（肝炎持续活动，转氨酶反复升高）持续进行，则40岁前后，对大多数慢性乙肝病人来说，即使转成了乙肝小三阳，也都有了不同程度的肝纤维化或肝硬化。假如终身持续为乙肝大三阳，没有明显的肝炎活动（肝功能始终正常），也许还能生活到60-70岁呢，可见乙肝大三阳不一定都要转为乙肝小三阳。乙肝大三阳转乙肝小三阳是机体清除病毒的表现，但带来的肝脏损害不能轻视。
