磁共振扫描对诊断脂肪肝不敏感，无论从信号强度，还是计算驰豫时间，均难以与正常肝组织区分开来，这与肝内含水量不增加有关。临床上可利用磁共振这一弱点鉴别ct上难以确诊的脂肪肝与肝癌。病变肝脏因脂肪含量较高，在磁共振各加权序列上信号均有轻度升高，局限性者与正常肝脏间分界不清，且无占位效应，虽动态增强扫描病变区与正常肝有相似的时间密度曲线。
但由于磁共振缺乏ct值那样的定量分析指标，仅凭磁共振诊断脂肪肝很难。国内多数学者认为，在目前技术条件下，当临床上怀凝脂肪肝对应首选ct而不是磁共振，多种影象技术的综合应用对脂肪肝，特别是局灶性脂肪肝的鉴别诊断可能有帮助。因此，目前磁共振及肝动脉造影主要用于超声及ct检查诊断困难者，特别是局灶性脂肪肝难以与肝脏肿瘤鉴别时，且又不能作肝穿刺活栓的病人。
脂肪肝的数字减影血管造影表现为肝动脉轻度扩张，全部分支呈现充血性倾向，但病灶中的血管形态、走行和分布均无异常，无病理性血管征象，无肿瘤血管。由于它是创伤性检查，价格昂贵，设备技术要求高，很少用于脂肪肝的诊断。
