甲胎蛋白是肝细胞分泌的一种蛋白，但也有部分肝癌细胞不分泌甲胎蛋白，有30%~40%的肝癌患者甲胎蛋白在正常范围。
近来对原发性肝癌的生物学行为研究发现，不同群体的肝癌细胞遗传基因或化程度不同，就表现出不同的生物学特性。如果控制甲胎蛋白表达的基因活化程度高，分泌的甲胎蛋白就多，血清中甲胎蛋白的浓度就高。如果表达甲胎蛋白的基因失活，肝癌细胞就不产生甲胎蛋白，血清中就不能检测到甲胎蛋白。甲胎蛋白隐形的肝癌患者在临床表现、预后和甲胎蛋白阳性的肝癌患者类似，这些肝癌患者也是发生在慢性肝炎、肝硬化的基础上，如果有肝病基础的患者，影像学检查如CT和B超检查发现特征性的肝癌表现，即使甲胎蛋白呈阴性，也可以诊断为原发性肝癌。
甲胎蛋白为阴性的肝癌的确诊主要依靠影像学检查，如超声、CT、核磁共振等。一般来说，年龄在35~55岁，有慢性肝炎和肝硬化病史，有乙肝或肝癌家族史的人是原发性肝癌的高危人群，如果这些人B超检查在肝脏发现有符合肝癌特征的实质性占位，即使甲胎蛋白是阴性的，也要高度警惕肝癌的可能性。
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