阿米巴肝脓肿的发病与阿米巴结肠炎有密切关系，细菌性的是由于细菌侵入而引起，细菌经由各种途径感染肝脏，引起炎细胞浸润及肝组织坏死液化，随即形成。细菌可以下列途径进入肝脏：①胆道：细菌沿着胆管上行，是引起细菌性肝脓肿的主要原因;②肝动脉：体内任何部位的化脓性病变，细菌可经肝动脉进入肝脏;③门静脉：已较少见。
最后是肝外伤：特别是肝的贯通伤或闭合伤后肝内血肿的感染而形成脓肿。感染来源途径与病原：全身各部化脓性感染尤其腹腔内感染可通过下述途径进入肝脏：胆道：据报道约22～52%细菌性肝脓肿来自胆道炎症包括胆石胆囊炎胆道蛔虫其他原因所致胆管狭窄与阻塞等门静脉：所有腹腔内胃肠道的感染均可通过门静脉进入肝脏过去细菌性肝脓肿最常见来源为化脓性阑尾炎可占30～50%近年已被胆道感染所取代其他还有溃疡病憩室炎溃疡性结肠炎大肠癌伴感染痔核感染等。
其中肝动脉，全身性或其他全身各部化脓性疾病如败血症化脓性骨髓炎、痈疖亚急性细菌性心内膜炎呼吸道感染等均可通过肝动脉进入肝脏这种途径约占10%左右。邻近组织器官化脓性炎症的直接蔓延，包括胆囊右肾溃疡病穿孔胰腺膈下脓肿等。亦有来源不明者。脓液培养提示革兰氏阴性菌多干革兰氏阳性菌常见者为大肠杆菌链球菌和葡萄球菌其他如副大肠杆菌变形杆菌绿脓杆菌产气杆菌伤寒杆菌霉菌等均曾有报道混合感染多于单一细菌感染细菌性肝脓肿可多发或单发以多发常见但右肝远多左肝机体抵抗力减弱也是本病发病的重要内因。
在开放性肝损伤细菌可直接经伤口入肝。细菌性肝脓肿的致病菌多为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、厌氧链球菌、类杆菌属等。而另一种就是肠道阿米巴感染的并发症，绝大多数是单发的。
