慢性肝炎的治疗是个棘手的问题。在治疗时最好先进行肝穿刺肝组织活检，依据组织学检查结果，明确是迁延型还是活动型肝炎后再选择治疗方案和药物。对于慢性迁延型肝炎的治疗，多数人认为本型大部分预后良好，不需特殊治疗。但应考虑慢迁肝与慢活肝的转换问题，要根据患者的动态变化随时调整治疗。
对于慢性活动型肝炎的处理，1、应注意积极寻找有效的抗病毒药物；2、根据机体免疫状况及病情采用免疫调节剂，以提高机体抗病毒的免疫反应；3、综合治疗，包括休息、营养、维生素及微量元素等；4、抗肝损伤的对症治疗（如降酶）；5、中医辩证治疗；6、靶向与基因治疗；7、要注意早期抗纤维化治疗。
