丙肝病毒是一种直径不到80纳米，有包膜的单股正链核糖核酸（RNA）病毒，属于黄病毒科家系。
肝病毒有和其他病毒一样的“秉性”，但也很有“个性”。和其他病毒一样，丙肝病毒会发生变异。但丙肝病毒的变异发生得太狡猾了！它可通过一些特殊的机制，把自己重要的基因隐藏起来，并保持其相对稳定；而把不太重要的、免疫选择和进化的基因放在容易发生变异的位置，像孙悟空七十二变一样不停地变换着花样，使病毒能很快适应环境和逃避人体免疫系统对它的清除。和其他病毒一样，丙肝病毒不能自己合成蛋白，所以它感染人体后常“借用”人体细胞的蛋白合成机制来合成病毒的蛋白。但丙肝病毒做事也太绝了！它不但利用人体细胞的蛋白合成机制，还在细胞内进行破坏活动。当丙肝病毒在肝细胞内复制时，常引起肝细胞结构和功能改变或干扰肝细胞蛋白合成，造成肝细胞变性坏死。这样一来，它不但像乙肝病毒那样通过人体免疫系统造成肝细胞坏死，而更主要是对肝细胞的直接破坏作用引起肝炎。因此，约有50%以上的丙肝病毒感染者会发展为慢性肝炎、20%发展成肝硬化、12%发展成肝癌。人们已经发现，丙肝病毒的核心蛋白与致癌有关。
人类对丙肝病毒感染的保护性免疫产生能力较差，能再感染不同株，甚至同株的丙肝病毒。这可能与丙肝病毒感染后病毒在血中的水平低及其基因变异有关。因此，丙肝病毒感染后不能使机体立即产生对它的抗体，或产生的抗体非常低，以致人类目前采用的方法不能发现这些抗体的存在。因此，感染丙肝病毒后也像感染艾滋病一样有一个较长的“窗口期”。尽管人们不断更新检测方法，使“窗口期”从原来的平均15周缩短到平均11周，但比起甲肝和戊肝的30天还是显得长多了。如果在这种“窗口期”内去献血，丙肝病毒是完全可能蒙混过关的。
由于丙肝病毒基因中的某些成分变化太大了，人们只好按照它们的“长相”给病毒进行分类：把它们核苷酸序列相似部分超过75%的病毒株归为一类。这样一来，丙肝病毒至少有6个兄弟。其中老大（Ⅰ型）、老二（Ⅱ型）和老三（Ⅲ型）是最常见的。
不同国家所感染的丙肝病毒类型也不同。欧美国家多数为Ⅰ型感染，而亚洲国家以Ⅱ型为主，Ⅲ型次之；中东的非洲一些国家的主要流行株是Ⅳ型和Ⅴ型。有人统计过我国的慢性丙型肝炎患者丙肝病毒的类型：北京地区86.2%为Ⅱ型感染，Ⅲ型感染为13.8%；新疆病人中Ⅲ型感染占50%。不同基因型的丙肝病毒感染引起临床过程和干扰素治疗反应也有些不同，一般认为丙肝病毒基因Ⅰ型感染较基因Ⅱ或Ⅲ型对干扰素治疗的反应差（疗效不好），基因Ⅲ型病毒株感染用干扰素的疗效最好。
现在，由于分子生物学技术的发展，人们越来越多地了解了丙肝病毒的“秉性”，这样一来，人们也会想出更多的对付丙肝病毒的办法，以便更准确地发现丙肝病毒感染者，更有效地对丙型肝炎患者进行治疗。
