丙型肝炎病毒感染的主要危害就是导致慢性肝炎。丙型肝炎的起病大多非常隐匿，易被忽视。约80%丙型肝炎患者最初并不知道自己患病，直至发展为慢性肝病甚至肝硬化和肝癌才被发现；约20%表现为急性肝炎。15%～25%的感染者在感染后6个月内可自发恢复，将病毒清除；75%～85%急性丙型肝炎可发展为慢性丙型肝炎甚至肝硬化和肝癌。
丙肝病毒感染后的临床类型及结局图
慢性肝病毒感染者中，25%的感染者像乙肝病毒携带者一样肝功能正常、肝脏损害轻微；60%的患者转氨酶轻度升高，肝脏损害为轻-中度的坏死性炎症和极轻度的肝纤维化，他们以后的发展尚不明确，估计其中大部分不会死于肝病。
由于丙型肝炎的临床症状较轻，有的则根本没有症状，不容易被发现，使很多丙肝病毒感染者不能早期发现，而延误了治疗时机。因此，有10%～20%的慢性丙型肝炎病人可能在10～30年里进展为肝硬化；在肝硬化病人中，每年原发性肝细胞癌的发病率为1%～7%。发生肝硬化和肝癌的患者生活质量明显下降，是慢性丙型肝炎患者的主要死因。其病程越长，治疗难度越大，疾病负担也就越重。因此，丙型肝炎严重威胁人们的健康和生命，给患者的家庭及社会造成巨大的经济负担，是一个严重的社会和公共卫生问题。
丙型肝炎最终“走向何方”与许多因素有关。感染的年龄和性别可影响丙型肝炎的预后。40岁以下人群及女性感染丙肝病毒后自发性病毒清除率较高；40岁以上人群和男性感染者病毒不容易消除，并易发展为肝硬化和肝癌。感染丙肝病毒后10～30年，肝硬化的发生率一般人群为10％～20％，儿童和年轻女性为2％～9.4％；中年男性为20％～30％。丙肝病毒的不同感染方式，其预后也不同。因输血而感染者一般发展较快，性传播的感染者预后较好。这可能与输血后丙肝病毒一次进入体内的病毒量较多有关。酒精与丙型肝炎病情进展有密切的关系。酒精能促进丙肝病毒在人体肝细胞中的增殖，明显加重了病毒血症，还会干扰α干扰素的抗病毒活性，降低了干扰素的疗效。因此，丙型肝炎中的饮酒者往往更容易发展为肝硬化和肝癌。重叠感染其他肝炎病毒、艾滋病、血吸虫病，合并脂肪肝、使用具有肝毒性的药物或接触有毒物质都会使丙型肝炎雪上加霜，加速肝病的进程。最重要的影响因素是治疗。由于丙肝病毒不“钻”进肝细胞核，只在胞浆内复制，所以比乙型肝炎容易治愈。感染后抗病毒治疗越早，疗程越长，疗效也越好。
