感染是肝移植术后最常见的共发症和死亡原因。
(1) 绝大部分肝移植受体至少发生1次细菌感染，2/3者有1次以上的严重感染。
(2) 细菌感染主要是近期感染，发生在2周内，其中肺部感染率最高、其次是腹腔和胆道感染。术后早期血行感染以深静脉导管留置时间较长有关，常伴有突发的寒症高热。有症状的尿路感染相对较少。腹腔感染的相关因素包括术前存在腹水、低蛋白血症、手术时间长、术后腹腔积液引流不通畅。还包括胆道问题，如胆瘘引起腹膜炎，胆管狭窄造成胆管炎。肠道菌群异位和留置T管都可以增加感染的危险。感染的细菌以肠球菌较多，其次是耐药的阴性杆菌。肺部感染与气管插管、呼吸机使用以及胸腔积液、肺水增加、肺不张、痰液粘稠等因素有关，致病菌主要是阴性杆菌(ESBLs)、MRSA较多，特别要强调的是术前隐匿性的肺部感染可以导致术后进展性致死性感染，所以一定要重视。肺部感染还与病人的误吸有关，同时也与病人排痰不畅有关，因此提倡使用纤维支气管镜帮助吸痰。气管切开指征不仅是使用呼吸机时间长，便于吸痰也是气管切开的适应症。菌血症的发生率在1/4～1/5，主要表现为高热、寒战和白细胞增高。原因以前以腹腔感染为主，现在由于导管造成的菌血症所占比例越来越高。常见细菌大部分是G+菌，G-菌占1/3～1/2。
(3) 菌群发生变迁：G+有增多趋势。G-菌中大肠杆菌、铜绿假单孢菌减少，不动杆菌、阴沟杆菌增多。G+菌中溶葡、金葡、肠球菌明显增多，出现一些少见细菌如鲍曼不动杆菌、嗜麦芽杆菌。
(4) 肺部及腹腔表现为混合感染，肺部除常见金葡菌、溶葡菌外，还有鲍曼不动杆菌、嗜麦芽杆菌等少见G-菌感染；腹腔除有大肠杆菌、阴沟杆菌外，还有肠球菌、溶葡等G+菌的感染。
(5) ESBL和MRSA药敏实验在球杆菌中的差异性：G+菌MRSA阳性率高；G-菌中肺炎克雷伯菌、大肠艾希菌ESBL较多为阴性，说明G-菌中耐药性相对较弱。G-菌最敏感抗生素是亚胺培南，G+菌最敏感的是万古霉素。肝移植术后细菌感染的G+菌中主要是MRSA、MRSE，也就是耐甲氧西林金葡或表葡及肠球菌，耐药溶葡、金葡是最多的，其次是肠球菌。在G-菌中主要是ESBLs，即产超广谱β-内酰胺酶的G-菌，代表细菌是大肠杆菌、肺炎克雷白杆菌；第二种是产BushⅠ型β－内酰胺酶(AmpC酶)的G-菌，代表细菌是阴沟肠杆菌、枸橼酸杆菌；同时在重症病人，包括肝移植术后病人，感染发生比例较高的一类就是非发酵菌属(G-杆菌)，这些杆菌都是多重耐药的，最有代表性的有铜绿假单孢菌、鲍曼不动、嗜麦芽假嗜单胞杆菌。在G+菌中，MRSA主要是由院内感染造成。除了万古霉素对MRSA有效，还有替考拉林，这两种药都是糖肽类抗菌素。VRE是耐万古霉素的肠球菌，普通的肠球菌应用万古霉素和替考拉林都有效，而耐万古霉素的肠球菌只能用替考拉林，其它的药物选择还有替甲环素和立奈唑唍。
