肝癌分原发性和继发性两种，继发性肝癌系由于其它脏器的肿瘤经血液、淋巴或直接侵袭到肝脏所致。
根据国内外大量研究资料分析，认为肝癌发生的原因主要有以下几种：
(1)病毒性肝炎：主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者，其原发性肝癌的发生率要比正常人高出2～100倍;在肝癌的高发地区，约20%的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒携带者。
(2)黄曲霉毒素(AFT)：以黄曲霉素B为最重要的致癌物质。适宜于高温、高湿的气候环境中生长繁殖，尤其是夏季的霉变食物及谷物、饲料等，最易被黄曲霉菌污染而产生黄曲霉毒素，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。
(3)水源污染：饮用水质的严重污染，是肝癌发生的重要诱因之一，尤其是污染的沟水，其次为河水，井水最低。故在没有自来水设施的乡村，应提倡饮用井水。
(4)化学致癌物质：能引起肝癌的化学物质以N-亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟素等亦均能诱发肝癌。
(5)其他因素：营养过剩(大量营养素)或营养缺乏(如维生素A、B1缺乏)、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
(6)免疫状态：有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，甲胎蛋白(AFP)就能抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
(7)基因突变：近年来，还有人认为，环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是加速癌细胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的发生还与非血蛋白的核蛋白对细胞周期的调控失常，以及细胞内外因素如环核苷酸、激素、多肽、生长因子及多胺等有关。
