临床上需与肝癌鉴别的有下列疾病:
1．继发性肝癌：肝脏血源丰富，全身其他系统的癌肿可经血液、淋巴液或直接蔓延而转移至肝脏，最多的是消化器官癌肿。与原发性肝癌相比，继发性肝癌症状一般较轻，发展较慢，多有原发癌灶相应的症状，除个别源于胃、胰的继发性肝癌病例外，AFP多呈阴性。故凡肝癌者都应注意检查胃肠道、呼吸系统、泌尿系统、乳腺等，以确定或排除转移性肝癌，以利于治疗。
2．肝硬变：病情发展缓慢，肝可不肿大或略肿大，质硬，表面较平或可有小结，边缘锐利、整齐，AFP阴性，同位素扫描及B超均能进行鉴别。
3．肝脓肿：尤其是阿米巴肝脓肿临床表现颇难与原发性肝癌鉴别，但通过反复多次超声波检查可有液平反射，血清AFP阴性，必要时作诊断性肝穿刺。
4．其他：应考虑到其他上腹部肿物，如胰腺肿瘤或囊肿、肝或腹膜结核、胃癌等，可通过病史、体征及多种检查方法进行鉴别。
肝癌理化检查方法：
1)影像学检查：
(1)PET检查：18F-FDG PET显像可通过观察瘤组织的葡萄糖代谢率对肝脏肿瘤进行诊断、分期和疗效检测。
恶性肿瘤组织的葡萄糖酵解增加，作为葡萄糖的类似物，18F-FDG被肿瘤细胞摄取，在磷酸己糖激酶的作用下，形成18F-FDG-6-磷酸，但不再参与代谢，而滞留在瘤组织内。由于正常肝肾组织内含有特异的葡萄糖-6-磷酸酶，其去磷酸化过程增强，且少数分化好的HCC组织内亦含有较高浓度的葡萄糖-6-磷酸酶，故瘤组织内18F-FDG的含量相对较低，其降低程度取决于瘤组织内葡萄糖-6-磷酸酶的浓度。
18F-FDG PET显像可在早期通过检测肿瘤组织代谢的变化判别坏死与存活瘤组织，从而判断疗效，坏死瘤组织的代谢明显低于存活瘤组织，而治疗后肿瘤的形态变化往往迟于代谢变化。Price等人认为，化疗后瘤组织18F-FDG摄取减低最明显的病人，临床效果也最好。18F-FDG PET可用于监测瘤组织对抗肿瘤治疗的早期反应和判定有无残余瘤组织。研究结果表明：18F-FDG PET显像还发现了CT所未能发现的肝内及肝外转移癌灶，改变了原分期结果，为制定正确的治疗方案提供了依据。
(2)X线检查：选择性肝动脉造影仍是最敏感的检查方法，对多血管的肝肿瘤，直径小于0.5cm亦能显示，但对少血管肝肿瘤的直径须达2cm方能确诊。肝左叶肿瘤，特别是少血管的，血管造影容易漏诊。
肝癌绝大多数是多血管的，血管造影主要表现为肿瘤血管和肿瘤染色，约占95％以上。其次为肿瘤包绕动脉征、动静脉瘘、肿瘤湖等表现。
(3)超声显像：实时B型超声显像可显示癌瘤实性暗区或呈光团，当癌肿坏死液化时，可出现液性暗区。其分辨低限为2cm，对早期定位诊断有一定价值，但须重复检查并结合其他指标进行诊断。
(4)电子计算机X线体层扫描（CT）：图像通常表现为局灶性周界比较清楚的密度减低区。亦可呈边缘模糊或大小不等的多发阴影。CT可显示2cm大小的肿瘤。如应用造影剂作动态CT，可增强对比而提高分辨力。最近，使用乳化的有机碘化油注入肝动脉，间隔1～2周后做CT扫描，能发现0.3cm大小的肿瘤。
(5)核磁共振成像（MRI）：可显示肿瘤包膜的存在，脂肪变性、肿瘤内出血、坏死；肿瘤纤维间隔形成，肿瘤周围水肿，肝结节及门静脉和肝静脉受侵犯等现象。MRI对肝细胞癌（HCC）检查的最小直径可为1.5cm。
(6)核素成像（RN）：肝癌在显像上的典型表现为局限性放射性缺损区。但平面显像只能定位，不能定性。欲要定性，需进行阳性显像（99mTc-PMT或67Ga）或肝血池显像。如欲提高诊断准确率，可进行单光子发射计算机断层仪（SPECT）断层显像。
2）肿瘤标记检测：
(1)甲胎蛋白（AFP）：血清AFP测定是目前最有效的诊断试验之一，特异性强，敏感性高。我国最通用的AFP诊断标准是《CIEP对流免疫电泳》AFP＞500μg/L,且持续4周者，或AFP在 200～500μg/L持续8周者，并排除肝病活动期、妊娠、生殖腺胚胎癌者等后，结合定位检查，即可作出肝癌诊断。
(2)γ谷氨酰转肽酶（γ-GT）及其同工酶Ⅱ（γ-GTⅡ）：肝脏γ-GT主要位于枯否细胞、门脉周围血管和胆管内皮细胞，不存于正常肝细胞，但肝癌组织中γ-GT 活性显著升高。正常人γ－GT值Brotton法为6～47U，Or1owski法＜40U。
用聚丙烯酰胺凝胶（PAG）梯度电泳可把γ-GT分离出9～13条区带，其中有肝癌特异带（II、II、I）存在，称为特异性肝癌同工酶，尤其是γ- GTII肝癌时阳性率高达90％～97％，假阳性低于5％，敏感性为90％，特异性为97％，AFP正常HCC而γ-GTII阳性率高达82％～86%，可见γ- GTⅡ同工酶对HCC有早期诊断价值。
(3)碱性磷酸酶（ALP）及其同工酶I（ALPI）：据国内学者报道，肝癌病人血清ALP活动高低常与肝脏受累范围大小相关，已有病灶但又未扪及时，血清ALP活力可达正常值的1．2倍，肋缘下可扪及时，酶活力可达正常值的1.8倍，若肝大平脐或脐下，ALP活力可高达正常值的3倍。
用PAG电泳、ALP可分离出7条区带，其中ALPI几乎仅见于原发性肝癌。其特异性高于其他任何一种标记，但阳性率不高。现认为ALPI为癌胚蛋白之一，由肝癌细胞产生。
(4)5-核苷酸磷酸二酯酶（5’NPD）同工酶V（5’NPDV）：5’NPD系核酸外切酶，可以水解磷酸二酯酶得到醇和核苷酸。用PAG电泳可将5-NPD分成5条区带，其中V带在AFP阳性肝癌者为84.6％～85.7％，在AFP阴性者为56.4％～91.9%。但该带在良性肝病和转移性肝癌时也有一定阳性率，特异性不强。
(5)醛缩酶同工酶A（ALD-A）：ALD 同工酶以A、B、C三种形式存在，应用放免技术测定，正常人ALD-A为（171±39）μg/L。除暴发性肝炎时升高外，良性肝病时正常，原发性和继发性肝癌时明显升高，全部大于210μg/L。同时测定ALD-A和癌胚抗原（CEA）有助于肝病鉴别诊断：两者均正常或轻度升高，可能为良性肝病；ALD-A明显升高而CEA正常，可能为原发性肝癌；两者同时明显升高，则可能为继发性肝癌。
(6)铁蛋白（Ferritin）和酸性同工铁蛋白（HIF）：肝含有丰富的铁蛋白，肝病时铁蛋白从肝内逸出，肝处理铁蛋白能力也减退，以致血清中含量升高，肝癌病人比良性肝病者增高更为明显，但两者有重叠，对HCC的特异性仅50％。肝癌和胎肝含有一种特殊铁蛋白H1F，反映其在血清中水平升高，正常人血清HIF为16～210mg/L，如以300mg/L为诊断界值，肝癌时72.1％的病例超过此值。在AFP阴性或低浓度AFP肝癌中有66.6％阳性，瘤体直径小于5cm的肝癌病人中也有62.5％阳性，而其他非癌性肝病时假阳性率仅为10.3％，提示HIF可作为HCC诊断的有用标记。
(7)a1抗胰蛋白酶（a1-AT）：系一种糖蛋白，是肝脏合成的蛋白酶抑制剂，为血中a1球蛋白的主要组成部分，正常值为0.78～2.00g/L，肝癌病人阳性率为51.4％～94.1％。另有报道AFP阴性的肝癌病人阳性率为42.88%，与AFP结合互补诊断PHC，阳性率更可提高，尤其对AFP低浓度阳性或阴性病例有临床应用价值。
(8)异常凝血酶原（PIVKA-II）：亦称γ-羧基凝血酶原（DCP）。肝合成凝血酶原的前体，经维生素K作为辅助因子γ羧化后，形成活性凝血酶原，肝癌时，肝不能合成羧基化凝血酶原，以致血清中出现一种异常凝血酶原——DCP。但应排除各种原因引起的维生素K缺乏。
(9)乳酸脱氢酶（LDH）：HCC 时血清LDH总活力升高，PHC时LDH5中度升高，转移性肝癌时，不仅LDH5升高，LDH4也明显升高；一般在PHC时LDH5＞LDH4，而转移性肝癌时LDH4＞LDH5，研究认为PHC病人血清AFP和LDH同工酶改变，二者符合率为87.5％，结合测定LDH同工酶可减少因AFP阴性所致的漏诊。
在临床应用中，上述各种标记检测不一定也勿需全部测定。从检测的敏感性、特异性及方法学考虑，可先作AFP和γ-GTII，如仍有疑问，可加作 ALPI、a1-AT、DCP。国内学者同步检测AFP、γGTII、a1-AT、ALP1，肝癌诊断率为98％，同时检测AFP和γ-GTII，肝癌诊断率也可达94.4％。
