经研究表明，我国肝癌的发生主要与乙型和丙型肝炎病毒感染、黄曲霉素、饮水污染等有关，一些农药、肝吸虫、遗传、嗜等也可能与肝癌的发病有关。具体而言，以下因素与肝癌发生有关。
1、病毒性肝炎 现知乙型肝炎与肝癌有密切关系，其次为近年确定的丙型肝炎。肝癌病例HBsAg阳性率可高达81.82%。国外报告，在肝癌高发地区有60%～90%的肝癌来自HBV。近年报道，在HBV阳性的肝癌患者可见HBV基因整合到肝癌细胞DNA中。因之认为HBV是肝癌发生的重要因素。最近，HCV的感染也被认为可能是肝癌发生的病原因素之一。据报道，在日本有70%，在西欧有65%～75%的肝癌患者发现HCV抗体阳性。
2、肝硬变 肝硬变与肝癌之间有密切关系。据统计，一般需经7年左右肝硬变可发展为肝癌。其中以坏死后性肝硬变为最多，肝炎后肝硬变次之，门脉性肝硬变最少。
3、真菌及其毒素 黄曲霉菌、青霉菌、杂色曲霉菌等都可引起实验性肝癌。其中以黄曲霉菌(aspergillus flavus)最为重要。用该菌或其毒素(aflatoxin)，或被其污染的食物均可诱发动物肝癌。在肝癌高发区，食物被黄曲霉菌污染的情况往往也较严重。
4、亚硝胺类化合物。
5、病毒感染。晚近资料表明，发展中国家肝癌患者的HBsAg阳性率大于50%，而发达国家肝癌患者的抗─HCV阳性率大多高于50%，因此推测HBV感染可能是发展中国家的主要病因：而丙型肝炎病毒则是发达国家肝癌的主要病因。
6、化学致癌物质。黄曲霉毒素B1是超剧毒物质，其致癌性比奶油大900倍，可诱发所有动物发生肝癌。其它如氯乙烯、二氧化钍、二乙基亚硝胺等均有一定的致癌性。
7、酒精中毒。酒精中毒可致酒精性脂肪肝、酒精性肝炎、酒精性肝硬化。在酒精性肝炎或肝硬变时，枯否氏细胞减少，可增加肝细胞癌变的发生。
8、微量元素。低硒、钼、锰、锌，高铁、砷、镍等都可能与肝癌的发生有一定的关系。
9、药物。某些药物有累积效应，起到致癌作用。
10、饮水污染：研究表明，肝癌发生与饮水污染有密切的关系，现已发现有百余种有机物为致癌、促癌和致突变物：如六氯苯、苯并芘、多氯联苯、氯仿、二溴乙烷、二氯乙烯、氯乙烯、苯并荧蒽、四氯甲烷、茚并芘等。
另外，遗传在原发性肝癌的发生中也具有一定的作用。
