肝癌分原发性和继发性两种，继发性肝癌系由于其它脏器的肿瘤经血液、淋巴或直接侵袭到肝脏所致。根据国内外大量研究资料分析，认为肝癌发生的原因主要有以下几种：
(1)病毒性肝炎：
主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者，其原发性肝癌的发生率要比正常人高出2～100倍;在肝癌的高发地区，约20%的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒携带者。病毒性肝炎和其他脏器病毒性感染一样，都是一种能自然自愈的疾病。所谓自然自愈，说得通俗一些，即自然会康复的疾病。通常病毒性肝炎的自愈病程可分为三期：一、感染期：可持续数月至数年，为病毒侵入机体在肝细胞中复制的时期，临床上病人无任何明显的症状，一般不易被发现.
病毒性肝炎和其他脏器病毒性感染一样，都是一种能自然自愈的疾病。所谓自然自愈，说得通俗一些，即自然会康复的疾病。通常病毒性肝炎的自愈病程可分为三期：
一、感染期：可持续数月至数年，为病毒侵入机体在肝细胞中复制的时期，临床上病人无任何明显的症状，一般不易被发现。
二、反应期：可持续2～4周左右，也就是当病毒复制到一定数量时，机体出现了要清除这些感染了病毒的肝细胞的反应。此时病人可无明显症状，这种情况往往是感染较轻的人，临床上称为隐性感染；但一部分人则出现了不同程度的症状，表现有发热、食欲不振、纳差、恶心、呕吐、乏力、肝区压痛等；部分病例则有巩膜、皮肤黄染；极少数的病人由于反应过强或原有肝脏疾病而出现腹胀、少尿、腹水、出血倾向、昏迷等严重肝衰竭的表现。
三、免疫清除期：也就是临床上的康复期，通常为数月内，机体在强烈的反应后继之是清除肝脏残余病毒的过程，临床症状逐渐消失，直至完全康复。此过程是机体自身的保护反应，所以也可理解为自限性的康复过程，根本不需要任何药物，绝大多数的病人都会康复。极少数病人由于感染重、反应过强、原来肝脏已有病变等原因而病故，目前尚无特殊的药物可改变其预后。 乙肝病毒感染如果发生在3岁前，或者和丙肝病毒合并感染，那么，该患者的感染期可持续数年以上，井反复出现反应期和清除期。这个过程如此反复，可持续数年至数十年，这就是临床上所说的慢性乙型肝炎患者。这些慢性肝炎患者，尤其是一部分感染较重的病人，由于体内反复的清除作用，会在若干年至十余年后引起肝脾肿大、肝功能损害，发生肝纤维化、肝硬化甚至肝癌。
(2)黄曲霉毒素(AFT)：
以黄曲霉素B为最重要的致癌物质。适宜于高温、高湿的气候环境中生长繁殖，尤其是夏季的霉变食物及谷物、饲料等，最易被黄曲霉菌污染而产生黄曲霉毒素，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。(3)水源污染：
饮用水质的严重污染，是肝癌发生的重要诱因之一，尤其是污染的沟水，其次为河水，井水最低。故在没有自来水设施的乡村，应提倡饮用井水。
(3)化学致癌物质：
能引起肝癌的化学物质以N-亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟素等亦均能诱发肝癌。
(4)其他因素：
营养过剩(大量营养素)或营养缺乏(如维生素A、B1缺乏)、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
(5)免疫状态：
有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，甲胎蛋白(AFP)就能抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
(6)基因突变：
近年来，还有人认为，环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是加速癌细胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的发生还与非血蛋白的核蛋白对细胞周期的调控失常，以及细胞内外因素如环核苷酸、激素、多肽、生长因子及多胺等有关。
